Vaasan keskussairaala, laboratorio-ohjekirja

Se även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset | Tiedotteet

Bm-FLT3-geenin sekvenssianalyysi ASO-aluketta varten luuytimestä (11193 Bm-FLT3sek )

Tarkistettu

15.10.2018

Tekopaikka

TYKS Laboratoriotoimialue/ Molekyylihematologia.

Yleistä

Kromosomissa 13 sijaitsevan FLT3-geenin mutaatioita esiintyy akuutissa myeloblastileukemiassa (AML), myelodysplastisessa syndroomassa (MDS) ja toisinaan myös akuutissa lymfoblastileukemiassa (ALL). FLT3-geeni koodaa reseptorityrosiinikinaasia ja geenin toiminta liittyy solujen kasvun säätelyyn. FLT3-geenin mutaatiot ovat useimmiten lyhyitä, noin 3-400 emäsparin pituisia duplikaatioita, jotka paikantuvat eksoniin 14. AML:ssä näitä duplikaatioita esiintyy noin 20-30 %:lla potilaista, MDS:ssä noin 10-20 %:lla potilaista. Toinen yleinen FLT3-geenin mutaatiotyyppi on kodoniin 835 osuvat mutaatiot, jotka tavallisimmin muuttavat kodonin 835 koodaaman aspartaatin (D) joksikin muuksi aminohapoksi, millä on geenin toimintaa aktivoiva vaikutus. Kodonin 835 pistemutaatioita esiintyy n. 5-10 %:lla AML-potilaista. FTL3-geenin mutaatiot ovat leukemogenesiin liittyviä sekundaaripoikkeavuuksia ja niistä etenkin FLT3-geenin pituusmutaatiot yhdistetään huonoon ennusteeseen. FLT3-geenin mutaatioita voidaan käyttää myös

molekyyligeneettisessä jäännöstautianalyysissä kvantitatiivisella PCR-analyysillä. Tässä analyysissä FLT3-geenin duplikaatio tai D835-kodonin pistemutaatio selvitetään yksityiskohtaisesti DNA-sekvensoinnin avulla ja saadun sekvenssitiedon perusteella suunnitellaan hoidon seurantaan sopiva ASO-PCR-aluke.

Indikaatiot

Molekyyligeneettiseen jäännöstautianalytiikkaan soveltuvan markkerin haku erityisesti silloin kun näytteestä ei ole osoitettavissa yleisimpiin kromosomitranslokaatioihin liittyviä fuusiogeenimarkkereita tai NPM1-geenin mutaatiota.

Esivalmistelut

Näyte voidaan ottaa vain maanantaista torstaihin klo 14 mennessä, ei arkipyhää edeltävänä päivänä. Tutkimus on tehtävissä myös verestä, ks. 11194 B -FLT3sek.

Menetelmä

PCR, fragmenttianalyysi, restriktioentsyymianalyysi ja agaroosigeeli-elektroforeesi. DNA-sekvensointi ja kvantitatiiviseen PCR-analyysiin soveltuvan ASO-PCR-alukkeen suunnittelu ja testaus.

Tulos valmiina

Viiden viikonkuluessa.

Näyteastia

4 ml CPT-putki.

Näytteenotto

Noin 4 ml luuydintä CPT-putkeen. Heti näytteenoton jälkeen sekä ennen sentrifugointia putkea tulee käännellä 8-10 kertaa ylösalaisin. Sentrifugointi (30 min, 1600 g, huoneenlämpö 18-25 °C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 5-10 kertaa ylösalaisin.

Näyte (minimi)

4 ml (3 ml) luuydintä.

Näytteen lähetys

Ma-to huoneenlämmössä postin pikapakettina.

Tulkinta

Lausunto.

Yhteyshenkilöt

TYKS Laboratoriotoimialue

Sairaalageneetikot: 050 515 0361, (02) 313 3897, 050 340 8701, (02) 313 7156

Lääkärit: 050 597 2027, 050 411 2237

Vaasan KS: Kemisti Jukka Salminen p. (06\) 213 2529

Muutokset

*15.10.2018 Uusi tutkimus