Vaasan keskussairaala, laboratorio-ohjekirja

Se även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset | Tiedotteet

B -Sotosin oireyhtymä, NSD1-geenin mutaatioiden tutkimus (11860 B -NSD1-D )

Tarkistettu

23.9.2019

Tekopaikka

TYKS laboratoriot/genetiikka/(02) 313 7475.

Yleistä

Sotosin oireyhtymä on suurikasvuisuusoireyhtymä, johon liittyy makrokefalia, nopea luuston kypsyminen ja pitkäkasvuisuus, kehityksen viivästyminen sekä tyypilliset kasvonpiirteet, kuten kupera, leveä ja korkea otsa sekä pitkä leuka. Kasvu on nopeinta varhaislapsuudessa. Raajat ovat pitkät suhteessa vartaloon, ja kämmenet ja jalkaterät ovat pituuteen nähden isot. Aikuisena Sotosin oireyhtymää sairastavat ovat kuitenkin vain hieman keskimääräistä pidempiä. Sotos-lapsilla esiintyy tavallista useammin epilepsiaa, kuumekouristuksia, välikorva- ja hengitystietulehduksia. Valtaosalla Sotos-lapsista esiintyy eriasteista motorista ja kielellistä kehitysviivettä. Lähes kaikki Sotos-tapaukset ovat sporadisia, ja n. 90 % aiheutuu NSD1-geenin mutaatioista.

NSD1-geenin koodaama proteiini toimii androgeenireseptoriin assosioituvana transkription koregulaattorina, ja se tunnetaan myös nimellä ARA267-alfa. NSD1-geenistä on kuvattu lukuisia mutaatioita, joista yleisimpiä ovat pistemutaatiot. Jopa puolet pistemutaatioista johtaa ennenaikaisen lopetuskodonin ja siis lyhentyneen polypeptidiketjun muodostumiseen. NSD1-geenin mikrodeleetioita tavataan lähinnä japanilaisilla Sotos-potilailla, mutta myös suomalaisilta potilailta on löytynyt sekä koko geenialueen että eksonisia deleetioita, joskin nämä löydökset ovat huomattavan harvinaisia.

Indikaatiot

Kliininen epäily Sotosin oireyhtymästä.

Esivalmistelut

Näyte suositellaan otettavaksi maanantaista torstaihin klo 14 mennessä, ei arkipyhää edeltävänä päivänä.

Menetelmä

NGS-menetelmä (Next Generation Sequencing). Kirjastojen valmistukseen käytetään hybrid capture - menetelmää (Sophia Genetics CCE_A_v1), ja kirjastot sekvensoidaan NextSeq-sekvensaattorilla (Illumina).

Bioinformatiikka-analyysiin käytetään Sophia DDM-ohjelmistoa (Sophia Genetics). Tarvittaessa mikrodeleetioiden tutkimus MLPA-menetelmällä (tilattavissa erikseen 12348 B -SoDel-D.

Tulos valmiina

4-8 viikon kuluessa.

Näyteastia

10 ml EDTA-vakuumiputki.

Näyte (minimi)

10 ml EDTA-verta.

Näytteen säilytys

2-3 vrk huoneenlämmössä, pidempi säilytys -20 °C.

Näytteen lähetys

Ma-to huoneenlämmössä postin pikapakettina.

Tulkinta

Mutaation löytyminen NSD1-geenistä varmistaa Sotosin oireyhtymän diagnoosin. Oireisella potilaalla saatu normaali tulos ei sulje pois Sotosin oireyhtymää, sillä sairauden voi aiheuttaa myös jonkin muun geenin mutaatio. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto. Tutkimuksella voidaan todeta pienet yksittäisten emästen muutokset (snv/indel), pienet alle 50 bp indel-mutaatiot sekä kopiolukumuutokset, joiden koko on yli 2 eksonia. Todetuista varianteista lausutaan patogeeniset ja todennäköisesti patogeeniset mutaatiot ja merkitykseltään epäselvät variantit. Lausunnossa ilmoitetaan tutkitut alueet, peitto kohdealueilla ja mahdolliset matalan peiton alueet. Todettu mutaatio varmistetaan Sanger-sekvensoinnilla, jos sen peitto on alle 50x.

Yhteyshenkilöt

TYKS: Sairaalageneetikko (02) 313 7475.

Vaasan KS: Kemisti Jukka Salminen p. (06) 213 2529

Muutokset

*23.9.2019 Uusi tutkimus