Vaasan keskussairaala, laboratorio-ohjekirja

Se även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset | Tiedotteet

B -CHD7-geenin sekvensointi (13005 B -CHARG-D )

Tarkistettu

5.11.2018

Tekopaikka

TYKS Laboratoriotoimialue/ Lääketieteellinen genetiikka/(02) 313 7475.

Yleistä

CHARGE-oireyhtymä on harvinainen, vallitsevasti periytyvä monianomaliaoireyhtymä. CHARGE on akronyymi usein esiintyvistä oireista:

  • C=coloboma eli silmän osan kiilamainen puutos
  • H=heart malformations eli sydänviat
  • A=atresia of the choanae eli nenäaukon umpeuma
  • R=retardation of growth/development eli kasvun/kehityksen hitaus
  • G=genital hypoplasia eli sukupuolielinten kehittymättömyys ja
  • E=ear abnormalities eli korvien poikkeamat.

Edellä mainitut oireet voivat esiintyä potilailla monenlaisina yhdistelminä, mutta tutkimuksissa lähes kaikilta potilailta löydetään sisäkorvan epämuodostumia.

CHARGE-oireyhtymän taustalla on n. 70 %:lla potilaista mutaatio CHD7-geenissä. Lähes kaikki tunnetut mutaatiot ovat heterotsygoottisia pistemutaatioita, mutta muutamalla potilaalla on todettu myös CHD7-geenin osittain tai kokonaan poistava deleetio. Suurin osa pistemutaatioista on nonsense-mutaatioita, jotka muodostavat ennenaikaisen lopetuskodonin ja aiheuttavat lyhentyneen polypeptidin muodostumisen. Pieni osa pistemutaatioista on missense- ja splicing-mutaatioita. Yleensä oireyhtymä on sporadinen, mutta kirjallisuudessa on kuvattu muutamia tapauksia, jossa mutaatio on periytynyt lähes oireettomalta vanhemmalta tai gonadimosaikismin kautta.

Geenit paneelissa: EYA1, CHD7, KAL1(ANOS1), SEMA3E

Indikaatiot

Epäily CHARGE-oireyhtymästä.

Esivalmistelut

Näyte suositellaan otettavaksi maanantaista torstaihin klo 14 mennessä, ei arkipyhää edeltävänä päivänä.

Menetelmä

CHARGE-oireyhtymä ja erotusdiagnostiikka, geenipaneelitutkimus NGS-menetelmällä. Kirjastojen valmistukseen käytetään Illuminan TruSight One - kirjastokittiä ja sekvensointiin käytetään Nextseq-sekvensointilaitetta.

Tulos valmiina

6-8 viikon kuluessa.

Näyteastia

10 ml EDTA-vakuumiputki.

Näyte (minimi)

10 ml (5 ml) EDTA-verta.

Näytteen säilytys

2-3 vrk huoneenlämmössä.

Näytteen lähetys

Ma-to huoneenlämmössä postin pikapakettina.

Tulkinta

Mutaation löytyminen CHD7-geenistä vahvistaa CHARGE-oireyhtymän diagnoosin. Muut paneelin geenit assosioituvat osittain päällekkäisiin ja saman tyyppisiin kliinisiin oirekuviin kuin CHARGE. Normaali tulos ei poissulje CHARGE-diagnoosia, koska kaikilla kliinisesti tyypillisillä potilailla ei todeta CHD7-geenin mutaatiota.

Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto. NGS-tulosten tulkintaan käytetään Sophia DDM -ohjelmistoa. Todetuista varianteista lausutaan patogeeniset, todennäköisesti patogeeniset ja merkitykseltään epäselvät variantit. Lausunnossa ilmoitetaan tutkitut alueet, keskimääräinen peitto kohdealueilla ja mahdolliset matalan peiton alueet. Todetun mutaation varmistamiseen käytetään Sanger-sekvensointia. Kirjastojen valmistus tehdään alihankintana.

Yhteyshenkilöt

TYKS: Sairaalageneetikko (02) 313 9156.

Vaasan KS: Kemisti Jukka Salminen p. (06) 213 2529

Muutokset

*5.11.2018 Uusi tutkimus