Vaasan keskussairaala, laboratorio-ohjekirja

Se även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset | Tiedotteet

B -Polyneuropatiageenien NGS-tutkimus verinäytteestä (13759 B -CMTNGSD )

Tarkistettu

27.11.2018

Tekopaikka

TYKS Laboratoriotoimialue/ Lääketieteellinen genetiikka/(02) 313 7475.

Yleistä

Periytyvät motosensoriset polyneuropatiat (HMSN) eli Charcot-Marie-Toothin (CMT) hereditääriset neuropatiat ovat kliinisesti ja geneettisesti heterogeeninen tautiryhmä, joihin liittyy eriasteisia ääreishermoston häiriöitä. CMT-tauti periytyy useimmiten autosomissa vallitsevasti, mutta myös X-kromosomaalista ja autosomaalista peittyvää periytymistä esiintyy.

CMT-tautien taustalta on kuvattu virheitä kymmenistä geeneistä, minkä vuoksi geneettisen taustan selvittäminen CMT-taudeissa voi olla haasteellista. Polyneuropatiageenipaneeli käsittää 72 geeniä, joiden mutaatioita on kuvattu CMT-taudin eri muotojen taustalla. Geenit paneelissa: AARS, ABHD12, AIFM1, ARHGEF10, ATL1, ATP7A, BSCL2, C12orf65, CCT5, CTDP1, CYP27A1, DCTN1, DNM2, DNMT1, DYNC1H1, EGR2, FAM134B, FBLN5, FGD4, FIG4, FXN, GAN, GARS, GBE1, GDAP1, GJB1, HADHA, HADHB, HARS, HK1, HSPB1, HSPB8, IGHMBP2, IKBKAP, INF2, KARS, KIF1A, KIF5A, LITAF, LMNA, LRSAM1, MED25, MFN2, MPZ, MTMR2, MYH14, NDRG1, NEFL, NGF, NIPA1, NTRK1, PLEKHG5, PMP22, PRPS1, PRX, RAB7A, REEP1, SBF1, SBF2, SCN10A,SCN9A, SETX, SH3TC2, SLC12A6, SPG11, SPTLC1, SPTLC2, SURF1,TRPV4, TTR, TYMP, WNK1, YARS.

Indikaatiot

Kliininen epäily CMT-taudista. Normaali tulos diagnostisessa PMP22-geenin kopiolukututkimuksessa (MLPA) CMT1-tautityyppiepäilyssä. Huom. Jos suvun index-potilaalta löytyy NGS-tutkimuksessa mutaatio, tehdään sukulaisten mahdolliset tutkimukset Sanger-sekvensoimalla suvun tunnetun mutaation tutkimuksena (12283 B-Mut-D).

Esivalmistelut

Näyte suositellaan otettavaksi maanantaista torstaihin klo 14 mennessä, ei arkipyhää edeltävänä päivänä.

Menetelmä

72 polyneuropatiageenin sekvensointi NGS-menetelmällä. Tutkimusmenetelmällä voidaan osoittaa yhden nukleotidin muutokset ja enintään 30 emäsparin kokoiset deleetiot ja insertiot geenien koodaavilla alueilla ja 20 emäsparin alueella eksoneita ympäröivillä intronialueilla. Patogeeniset variantit varmistetaan Sanger-sekvensoinnilla. Menetelmällä ei voida havaita kokonaisten eksonien kopiolukumuutoksia, kuten PMP22-geenin kopiolukumuutokset CMT1A ja HNPP-taudeissa tai toistojaksolaajentumia.

Tutkimus on jatkotutkimus MLPA-menetelmällä tehtävälle PMP22-geenialueen kopiolukututkimukselle CMT1-ryhmän taudeissa ja muissa CMT-tautityypeissä ensisijainen tutkimusmenetelmä.

Sekvensointi ja bioinformatiikkapalvelut hankitaan alihankintana.

Tulos valmiina

6-8 viikkoa. Tutkimusta ei voi tilata kiireellisenä.

Näyteastia

10 ml EDTA-vakuumiputki.

Näyte (minimi)

10 ml (5 ml) EDTA-verta.

Näytteen säilytys

1 vrk huoneenlämmössä, yön yli jääkaapissa.

Näytteen lähetys

Ma-to huoneenlämmössä postin pikapakettina

Tulkinta

Patogeeniseksi arvioidun variantin löytyminen tutkimuspaneelin geenistä varmistaa periytyvän polyneuropatian diagnoosin ja auttaa luokittelemaan potilaan CMT-taudin tiettyyn alatyyppiin (CMT1, 2, 4, X).

Yhteyshenkilöt

TYKS: Sairaalageneetikot (02) 313 9156, (02) 313 7475.

Vaasan KS: Kemisti Jukka Salminen p. (06) 213 2529

Muutokset

*27.11.2018 Uusi tutkimus