Vaasan keskussairaala, laboratorio-ohjekirja

Se även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset | Tiedotteet

__-Syöpägeenien mutaatioiden RNA-sekvensointi (14068 __-RNAMut )

Tarkistettu

01.10.2018

Tekopaikka

TYKS Laboratoriotoimialue / Molekyylihematologia.

Yleistä

Tutkimuksella selvitetään syöpätaudeissa tavallisimmin mutatoituvien geenien somaattisia mutaatioita RNA-tasolta. Analyysi soveltuu erityisesti fuusiogeenien tuottaman fuusiolähetti-RNA:n osoittamiseen, mutta sillä on osoitettavissa myös muita syöpään liittyviä ja RNA-tasolla ekspressoituvia somaattisia mutaatioita syöpätaudin molekulaarista luokittelua sekä mahdollisen jäännöstautianalyysikohteen määrittelyä varten. Tutkimus tehdään Illumina TruSight Pan-Cancer RNA-sekvensointipaneelilla. Paneeli kattaa 1385 syöpään assosioituvan geenin 21043 eksonialuetta. Paneeliin sisältyvät geenit on lueteltu erillisessä tutkimusohjeeseen linkitetyssä tiedostossa.

Tutkimuksessa tunnistetaan geenifuusiosta syntyvä molempien geenien sekvenssiä sisältävä fuusiolähetti-RNA, mikäli ainakin toinen fuusiopartnereista sisältyy paneelin geenilistaan. Tutkimus soveltuu vain RNA-tasolla ekspressoituvien fuusiogeenien ja mutaatioiden osoittamiseen, siten esim. IgH-BCL1 ja IgH-BCL2 -fuusiot eivät ole tällä tutkimuksella osoitettavissa. Tutkimuksen validointisarjassamme on laajasti voitu osoittaa erilaisia sekä verisyöpiin että kiinteisiin kasvaimiin liittyviä fuusiotranskriptejä. Toistaiseksi tutkimusta ei kuitenkaan suositella ALK-geeniin liittyvien fuusiotranskriptien osoittamiseen.

Tulosten tulkinnassa positiivisella löydöksellä on merkitystä, mutta menetelmää ei ole syytä käyttää mutaatioiden poissulkemiseen. Puuttuva ekspressio voi vaikuttaa siihen, että sekvenssidataa ei saada kaikista paneelin sisältyvistä geeneistä. Tarvittaessa lähetteeseen on mahdollista merkitä ne geenit, joihin liittyen erityisesti halutaan tutkimuksella kannanottoa. Tällöin lausunnossa ilmoitetaan, onko ko.geenin tuottamia RNA-molekyylejä sekvensoitu ja näiden RNA-ranskriptien ja niiden mahdollisten varianttien sekvensoinnissa saavutetut lukusyvyydet.

Tulosten tulkinnassa on otettava huomioon, että sekvensointidatan käsittelyyn käytettävällä ohjelmistolla ei tällä hetkellä voida osoittaa pitkiä (yli 10-15 nukleotidin) insertioita eikä deleetioita. Hyvin runsaasti C- ja G-emäksiä sisältävät geenialueet voivat sekvensoitua suboptimaalisesti. Todetuille fuusiotranskripteille sekä useamman nukleotidin käsittäville insertioille ja deleetioille on yleensä mahdollista suunnitella (erillisestä pyynnöstä) käyttökelpoinen kvantitatiiviseen PCR:ään pohjautuva jäännöstautianalyysi.

Indikaatiot

Syöpätauteihin liittyvien fuusiolähettien osoitus.

Esivalmistelut

Näyte voidaan ottaa vain maanantaista torstaihin klo 14 mennessä, ei arkipyhää edeltävänä päivänä.

Menetelmä

Uuden sukupolven rinnakkaissekvensointi (NGS).

Tekotiheys

Tarvittaessa.

Näytteenotto

Tutkimus voidaan kohdistaa laboratoriossa jo olevaan näytteeseen, josta on aiemmin eristetty RNA. Kudosnäytteissä suositeltavin näytemuoto on pakastettu tuorekudos, luuydinnäytteissä pakastetut mononukleaariset solut. Tutkimus on tehtävissä myös parafiinileikkeestä eristetystä RNA:sta. Parafiinileikkeestä voidaan toimittaa valmiiksi leikattuja lastuja (10-15 kpl, 5-10 um) ja

HE-lasi tai vaihtoehtoisesti kasvainkudoksesta mahdollisimman edustava blokki. Tarvittaessa luuydin- tai verinäytteille on näytteenotto (10797 Bm-Molbiol, 10798 B -Molbiol) ja/tai RNA-uutos (13060 __-RNA-uutos) tilattava erikseen.

Näyte (minimi)

20-200 ng eristettyä RNA:ta,

Tulkinta

Lausunto.

Yhteyshenkilöt

TYKS Laboratoriotoimialuein sairaalageneetikot (02) 3131908, (02) 313 3897, (02) 313 7156, lääkäri (02) 313 2899.

Vaasan KS: Kemisti Jukka Salminen p. (06) 213 2529

Muutokset

*1.10.2017 Uusi tutkimus