Vaasan keskussairaala, laboratorio-ohjekirja

Se även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset | Tiedotteet

B -TP53-, NOTCH1 ja SF3B1-geenien mutaatiotutkimus KLL:ssa (14193 B -KLLmutD )

Tarkistettu

22.2.2019

Tekopaikka

TYKS Laboratoriotoimialue / Molekyylihematologia.

Yleistä

Tutkimuksella on mahdollista osoittaa KLL:n ennusteen ja hoidon kannalta merkityksellisten TP53-, NOTCH1- ja SF3B1-geenien yleisimmät mutaatiot. TP53-geenin mutaatioita todetaan n. 10 - 40 %:lla KLL-potilaista taudin vaiheesta riippuen. TP53-mutaatioita on todettavissa valtaosalla potilaista, joilla on osoitettu myös kromosomialueen 17p deleetio, mutta myös osalla niistä potilaista, joilla 17p -poikkeavuutta ei ole todettu. TP53-mutaatiot sijoittuvat yleensä ns. DNA:han sitoutuvan domainin alueelle ja niihin liittyy huono ennuste. Mutaation tai deleetion osoittamisella on myös hoidollista vaikutusta. NOTCH1-geenin mutaatioita todetaan n. 5-10 %:lla KLL-potilaista. NOTCH1-mutaatiot assosioituvat +12 -trisomiaan ja IGHV-mutaatiostatukseltaan ei-mutatoituneeseen KLL:aan. NOTCH1-mutaatioihin liittyy suurentunut riski taudin transformaatiolle Richterin syndroomaksi. SF3B1-geenin mutaatioita esiintyy 10-15 %:lla KLL-potilaista. SF3B1-mutaatiot liittyvät 11q- kromosomideleetioon ja huonoennusteiseen taudinkuvaan.

Tutkimus tehdään Illumina TruSight Myeloid NGS-paneelilla, joka kattaa tutkittavista geeneistä TP53-geenin koko koodaavan alueen (eksonit 2-11 silmukointialueineen), NOTCH1-geenistä eksonit 26-28 ja 34 sekä SF3B1-geenistä eksonit 13-16. Tulosten analyysissä detektiorajana käytetään vähintään 200:aa sekvenssilukua amplikonia kohden ja variantin esiintymistä ainakin 5 %:ssa sekvenssiluvuista. Variantit, jotka sijoittuvat matalapeittoisille amplikonialueille, eivät tule analyysissä esiin. Testin sensitiivisyyttä ei ole määritetty. Tulosten tulkinnassa on otettava huomioon, että sekvensointidatan käsittelyyn käytettävällä ohjelmistolla ei tällä hetkellä voida kattavasti osoittaa pitkiä (yli 25 nukleotidin) insertioita eikä deleetioita.

Esivalmistelut

Näyte voidaan ottaa vain maanantaista torstaihin klo 14 mennessä, ei arkipyhää edeltävänä päivänä.

Menetelmä

Massiivinen rinnakkaissekvensointi (NGS).

Tekotiheys

Tarvittaessa.

Näyteastia

2x8 ml CPT-putki. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 8 mL draw capacity.

Näytteenotto

2x8 ml verta CPT-putkeen. Heti näytteenoton jälkeen sekä ennen sentrifugointia putkea tulee käännellä 8-10 kertaa ylösalaisin hyytymisen ehkäisemiseksi. Sentrifugointi (30 min, 1600 g, huoneenlämpö 18-25 °C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 5-10 kertaa ylösalaisin.

Näyte (minimi)

2x8 ml CPT-verta.

Näytteen lähetys

Ma-to huoneenlämmössä näytteenottopäivänä postin pikapakettina.

Tulkinta

Lausunto.

Yhteyshenkilöt

TYKS Laboratoriotoimialue

Sairaalageneetikot: 050 515 0361, (02) 313 3897, 050 340 8701, (02) 313 7156

Lääkärit: 050 597 2027, 050 411 2237

Vaasan KS: Kemisti Jukka Salminen p. (06\) 213 2529

Muutokset

*22.2.2019 Uusi tutkimus