Vaasa, laboratorio-ohjekirjaVaasa, laboratorio-ohjekirjaSe även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset |Tiedotteet
23.06.2021
TYKS laboratoriot/genetiikka/(02) 313 7475.
BRCA1 ja BRCA2 ovat tunnetuimmat geenit, jotka on liitetty korkeaan rinta- ja munasarjasyöpäalttiuteen. Ne selittävät pienen osan tapauksista. Muita korkean rintasyöpäalttiuden geenejä ovat CDH1, PTEN, STK11 ja TP53, joissa geenivirheen altistama elämänaikainen rintasyöpäriski on vähintään 40% (ref 1,2). Näistä STK11:een liittyy myös suurentunut munasarjasyöpäriski. Nykyään tunnetaan joitakin keskikorkean rintasyöpäriskin geenejä, kuten ATM, CHEK2, FANCM ja PALB2 (ref 1,3). Näistä keskikorkean riskin geeneistä tunnetaan myös joitakin korkeaan rintasyöpäriskiin yltäviä geenivirheitä. Yleinen suomessa esiintyvä FANCM-variantti c.5101C→T on liitetty erityisesti kolmoisnegatiivisen rintasyövän riskiin (ref 7). Lynchin oireyhtymässä (ref 4) geenivirheeseen (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM) on liitetty erityisesti suolisto- ja kohtusyövän riski, mutta myös suurentunut riski munasarjasyöpään, ja MSH6- ja PMS2-geenivirheen osalta keskikorkeaan riskiin yltävä rintasyöpäriski (ref 5).
RAD51C- tai RAD51D-geenivirhe on useissa tutkimuksissa yhdistetty merkittävästi kohonneeseen munasarjasyövän riskiin (ref 3). BRIP1-geeni on liitetty yhä useammin munasarjasyöpäriskiin (ref 3). Nykyään on olemassa vakiintuneet seurantasuositukset tilanteissa, joissa on todettu korkean riskin geenivirhe (ref 4,6) ja muissa tilanteissa seurantasuosituksista käydään säännöllistä keskustelua kansallisesti ja kansainvälisesti (ref 3).
Epäily perinnöllisestä rintasyöpä- tai munasarjasyöpäalttiudesta. Paneeli sisältää geenejä, joiden mutaatioihin on liitetty korkea (yli 40 %) tai keskikorkea (20 - 39 %) elämänaikainen rintasyöpäalttius tai merkittävästi kohonnut munasarjasyöpäalttius. Tilaaja voi halutessaan pyytää paneelista tutkittavaksi vain tilaajan valitsemat geenit tai paneelin geeneistä vain korkean riskin geenivirheet. Paneelin sisältämät geenit: ATM, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CHEK2, EPCAM, FANCM, MLH1, MSH2, MSH6, PALB2, PMS2, PTEN, RAD51C, RAD51D, STK11 ja TP53.
Näyte suositellaan otettavaksi maanantaista torstaihin klo 14 mennessä, ei arkipyhää edeltävänä päivänä.
NGS-menetelmä (Next Generation Sequencing). Kirjastojen valmistukseen käytetään hybrid capture - menetelmää (Sophia Genetics CCE_A_v1), ja kirjastot sekvensoidaan NextSeq-sekvensaattorilla (Illumina). Bioinformatiikka-analyysiin käytetään Sophia DDM-ohjelmistoa (Sophia Genetics).
4-8 viikon kuluessa. NGS-tutkimuksia voidaan tilata kiireellisenä, tällöin vastausaika on 2-3 viikkoa näytteen saapumisesta laboratorioon. Kiireellisten tutkimusten hintaan lisätään 50% kiireellisyyslisä. Kiireellisen tutkimuksen tilaamisesta tulee aina olla yhteydessä Genetiikan laboratorioon joko sähköpostilla DNAlabra(at)tyks.fi tai puh. 02-3137475.
10 ml EDTA-vakuumiputki.
10 ml EDTA-verta.
2-3 vrk huoneenlämmössä, pidempi säilytys -20 °C.
Ma-to huoneenlämmössä postin pikapakettina.
Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto. Tutkimuksella voidaan todeta pienet yksittäisten emästen muutokset (snv/indel), pienet alle 50 bp indel-mutaatiot sekä kopiolukumuutokset, joiden koko on yli 2 eksonia. Todetuista varianteista lausutaan patogeeniset ja todennäköisesti patogeeniset mutaatiot ja merkitykseltään epäselvät variantit. Lausunnossa ilmoitetaan tutkitut alueet, peitto kohdealueilla ja mahdolliset matalan peiton alueet. Todettu mutaatio varmistetaan Sanger-sekvensoinnilla, jos sen peitto on alle 50x.
Tutkimukseen sisältyy BRCA1- ja 2 -geenien kopiolukuanalyysi MLPA-menetelmällä. Tulokset tulkitaan käyttämällä GeneMarker-ohjelmistoa. Tutkimukseen ei sisälly muiden paneeliin kuuluvien geenien kopiolukututkimuksia.
Geneettinen alttius syövälle. Minna Kankuri-Tammilehto ja Johanna Schleutker, Lääketieteellinen Aikakauskirja Duodecim 2017;133(19):1773-81.
NCCN Guidelines Insights, Genetic/Familial High-Risk Assessment: Breast and Ovarian, Version 2.2017. Daly M, Pilarski R and Berry M et al. J Natl Compr Canc Netw 2017;15(1):9-20. Pubmed 28040716
Counselling framework for moderate-penetrance cancer-susceptibility mutations. Tung N, Domchek S and Stadler Z et al. Nat Rev Clin Oncol 2016;13(9):581-8. Pubmed 27296296
Lynchin oireyhtymän diagnostiikka ja hoito. Toni Seppälä, Kirsi Pylvänäinen, Laura Renkonen-Sinisalo, ym, Lääketieteellinen Aikakauskirja Duodecim 2016;132(3):233-40.
MSH6 and PMS2 germ-line pathogenic variants implicated in Lynch syndrome are associated with breast cancer. Roberts M, Jackson S and Susswein L et al. Genet Med. 2018 Jan 18 online publication Pubmed 29345684
Suomen Rintasyöpäryhmä: Rintasyövän valtakunnallinen diagnostiikka- ja hoitosuositus 2018, s. 71-74.
Kiiski JI, Fagerholm R, Tervasmäki A et al. FANCM c.5101C→T mutation associates with breast cancer survival and treatment outcome. Int J Cancer. 2016;139(12):2760-2770.
Ammattilaisneuvonta Pohjanmaa 041 7314 786