Vaasan keskussairaala, laboratorio-ohjekirja

Se även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset | Tiedotteet

B -Perinnöllinen rinta-ja ovariosyöpäalttius, geenipaneeli NGS-menetelmällä (14211 B -BrOvCor )

Tarkistettu

23.9.2019

Tekopaikka

TYKS laboratoriot/genetiikka/(02) 313 7475.

Yleistä

BRCA1 ja BRCA2 ovat tunnetuimmat geenit, jotka on liitetty korkeaan rinta- ja munasarjasyöpäalttiuteen. Ne selittävät pienen osan tapauksista. Muita korkean rintasyöpäalttiuden geenejä ovat CDH1, PTEN, STK11 ja TP53, joissa geenivirheen altistama elämänaikainen rintasyöpäriski on vähintään 40% (ref 1,2). Näistä STK11:een liittyy myös suurentunut munasarjasyöpäriski. Nykyään tunnetaan joitakin keskikorkean rintasyöpäriskin geenejä, kuten ATM, CHEK2, FANCM ja PALB2 (ref 1,3). Näistä keskikorkean riskin geeneistä tunnetaan myös joitakin korkeaan rintasyöpäriskiin yltäviä geenivirheitä. Yleinen suomessa esiintyvä FANCM-variantti c.5101C→T on liitetty erityisesti kolmoisnegatiivisen rintasyövän riskiin (ref 7). Lynchin oireyhtymässä (ref 4) geenivirheeseen (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM) on liitetty erityisesti suolisto- ja kohtusyövän riski, mutta myös suurentunut riski munasarjasyöpään, ja MSH6- ja PMS2-geenivirheen osalta keskikorkeaan riskiin yltävä rintasyöpäriski (ref 5).

RAD51C- tai RAD51D-geenivirhe on useissa tutkimuksissa yhdistetty merkittävästi kohonneeseen munasarjasyövän riskiin (ref 3). BRIP1-geeni on liitetty yhä useammin munasarjasyöpäriskiin (ref 3). Nykyään on olemassa vakiintuneet seurantasuositukset tilanteissa, joissa on todettu korkean riskin geenivirhe (ref 4,6) ja muissa tilanteissa seurantasuosituksista käydään säännöllistä keskustelua kansallisesti ja kansainvälisesti (ref 3).

Indikaatiot

Epäily perinnöllisestä rintasyöpä- tai munasarjasyöpäalttiudesta. Paneeli sisältää geenejä, joiden mutaatioihin on liitetty korkea (yli 40 %) tai keskikorkea (20 - 39 %) elämänaikainen rintasyöpäalttius tai merkittävästi kohonnut munasarjasyöpäalttius. Tilaaja voi halutessaan pyytää paneelista tutkittavaksi vain tilaajan valitsemat geenit tai paneelin geeneistä vain korkean riskin geenivirheet. Paneelin sisältämät geenit: ATM, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CHEK2, EPCAM, FANCM, MLH1, MSH2, MSH6, PALB2, PMS2, PTEN, RAD51C, RAD51D, STK11 ja TP53.

Esivalmistelut

Näyte suositellaan otettavaksi maanantaista torstaihin klo 14 mennessä, ei arkipyhää edeltävänä päivänä.

Menetelmä

NGS-menetelmä (Next Generation Sequencing). Kirjastojen valmistukseen käytetään hybrid capture - menetelmää (Sophia Genetics CCE_A_v1), ja kirjastot sekvensoidaan NextSeq-sekvensaattorilla (Illumina).

Bioinformatiikka-analyysiin käytetään Sophia DDM-ohjelmistoa (Sophia Genetics).

Tulos valmiina

4-8 viikon kuluessa.

Näyteastia

10 ml EDTA-vakuumiputki.

Näyte (minimi)

10 ml EDTA-verta.

Näytteen säilytys

2-3 vrk huoneenlämmössä, pidempi säilytys -20 °C.

Näytteen lähetys

Ma-to huoneenlämmössä postin pikapakettina.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto. Tutkimuksella voidaan todeta pienet yksittäisten emästen muutokset (snv/indel), pienet alle 50 bp indel-mutaatiot sekä kopiolukumuutokset, joiden koko on yli 2 eksonia. Todetuista varianteista lausutaan patogeeniset ja todennäköisesti patogeeniset mutaatiot ja merkitykseltään epäselvät variantit. Lausunnossa ilmoitetaan tutkitut alueet, peitto kohdealueilla ja mahdolliset matalan peiton alueet. Todettu mutaatio varmistetaan Sanger-sekvensoinnilla, jos sen peitto on alle 50x.

Tutkimukseen sisältyy BRCA1- ja 2 -geenien kopiolukuanalyysi MLPA-menetelmällä. Tulokset tulkitaan käyttämällä GeneMarker-ohjelmistoa. Tutkimukseen ei sisälly muiden paneeliin kuuluvien geenien kopiolukututkimuksia.

Linkit

1. Geneettinen alttius syövälle. Minna Kankuri-Tammilehto ja Johanna Schleutker, Lääketieteellinen Aikakauskirja Duodecim 2017;133(19):1773-81.

2. NCCN Guidelines Insights, Genetic/Familial High-Risk Assessment: Breast and Ovarian, Version 2.2017. Daly M, Pilarski R and Berry M et al. J Natl Compr Canc Netw 2017;15(1):9-20. Pubmed 28040716

3. Counselling framework for moderate-penetrance cancer-susceptibility mutations. Tung N, Domchek S and Stadler Z et al. Nat Rev Clin Oncol 2016;13(9):581-8. Pubmed 27296296

4. Lynchin oireyhtymän diagnostiikka ja hoito. Toni Seppälä, Kirsi Pylvänäinen, Laura Renkonen-Sinisalo, ym, Lääketieteellinen Aikakauskirja Duodecim 2016;132(3):233-40.

5. MSH6 and PMS2 germ-line pathogenic variants implicated in Lynch syndrome are associated with breast cancer. Roberts M, Jackson S and Susswein L et al. Genet Med. 2018 Jan 18 online publication Pubmed 29345684

6. Suomen Rintasyöpäryhmä: Rintasyövän valtakunnallinen diagnostiikka- ja hoitosuositus 2018, s. 71-74.

7. Kiiski JI, Fagerholm R, Tervasmäki A et al. FANCM c.5101C→T mutation associates with breast cancer survival and treatment outcome. Int J Cancer. 2016;139(12):2760-2770.

Yhteyshenkilöt

TYKS: Sairaalageneetikko (02) 313 7475.

Vaasan KS: Kemisti Jukka Salminen p. (06) 213 2529

Muutokset

*23.9.2019 Uusi tutkimus