Vaasan keskussairaala, laboratorio-ohjekirja

Se även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset | Tiedotteet

B -Perinnöllinen paksu- ja peräsuolisyöpäalttius, geenipaneelitutkimus (14289 B -COLRECT )

Tarkistettu

23.9.2019

Tekopaikka

TYKS laboratoriot/genetiikka/(02) 313 7475.

Yleistä

Lynchin oireyhtymässä suuren riskin alttiusgeenin virhe geenissä MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 tai EPCAM aiheuttaa kantajalleen erittäin suuren paksu- tai peräsuolisyöpäriskin (n. 60-80 %), jos paksusuolen tähystysseurantaa ei järjestetä (ref 1, 2). Tähystysseurannassa olevien kuolleisuus paksusuolisyöpään putoaa verrokkiryhmän tasolle. Tavallinen geenivirhe on ns. mutaatio I, joka poistaa MLH1-geenistä eksonin 16, mutta suvun Lynch-geenivirhe voi olla myös sellainen, jota ei ole aikaisemmin toisessa suvussa kuvattu. Nykyään on tavallista, että patologi tekee paksu- tai peräsuolisyövän adenokarsinoomadiagnoosin saaneen potilaan kasvainnäytteestä immunohistokemiallisen tutkimuksen potilaan sukutaustasta riipumatta. Tällöin kasvainsoluista tutkitaan MLH1-, MSH2-, MSH6- ja PMS2proteiinituotteet (ref 3, 4), ja poikkeva tutkimustulos antaa viitettä siitä, missä geenissä virhe voisi olla.

Saman tautigeenin eri virheet voivat liittyä vaihtelevaan taudinkuvaan. Esimerkiksi klassinen FAP, jossa potilaalla on satoja tai tuhansia polyyppeja, johtuu tavallisesti perinnöllisestä APC-geenin virheestä, mutta voi johtua myös resessiivisistä MUTYH-geenivirheistä (ref 1). Resessiiviset MUTYH-geenivirheet voivat myös altistaa sellaiselle polyyppitaudille, jossa polyyppien muodostus on vähäisempää muistuttaen kliinisesti epätyypillistä FAP-tautia (attenuated FAP) tai Lynchin oireyhtymää (ref 1). FAP-taudin kaltainen tauti voi myös syntyä NTHL1- tai AXIN2-geenivirheestä (ref 1). POLE- tai POLD1-geenivirhe voivat selittää suolistosyöpäalttiutta suvuissa, joissa ei ole kyse Lynchin oireyhtymästä (ref 1) tai altistaa adenomatoottiselle polyyppitaudille.

Pienessä osassa POLEtai POLD1-geenivirheen altistamista suolistosyövistä on todettu mikrosatelliitti-instabiliteettia. Hamartomatoottisille polyyppitaudeille, kuten juveniili polyyppitauti ja Peutz-Jeghersin oireyhtymä (ref. 3), altistaa geenivirhe BMR1A- ja SMAD4- sekä STK11-geeneissä, ja näihin geeneihin on liitetty syöpäriskiä myös muualla mahasuolikanavassa. STK11:een liittyy myös suurentunut rinta- ja munasarjasyöpäriski . PTEN-geeniin liittyvä Cowdenin oireyhtymä altistaa suoliston polyypeille, jotka eivät yleensä muutu syöväksi, ja lisäksi suurella riskillä rintasyövälle. Keskisuurta suolistosyöpäalttiutta on kuvattu liittyvän CHEK2-geenivirheeseen, joka altistaa myös rintasyövälle yleensä keskisuurella riskillä (ref 5). Nykyään on olemassa vakiintuneet seurantasuositukset tilanteissa, joissa on todettu korkean riskin geenivirhe (ref 4, 6) ja muissa tilanteissa seurantasuosituksista käydään säännöllistä keskustelua kansallisesti ja kansainvälisesti (ref 7).

Indikaatiot

Epäily perinnöllisestä paksu- ja peräsuolisyövästä. Paneeliin sisältyvät geenit: APC, AXIN2, BMPR1A, CHEK2, EPCAM, GREM1, MLH1, MSH2, MSH3, MSH6, MUTYH, NTHL1, PMS2, POLD1, POLE, PTEN, SMAD4, STK11, TP53

Esivalmistelut

Näyte suositellaan otettavaksi maanantaista torstaihin klo 14 mennessä, ei arkipyhää edeltävänä päivänä.

Menetelmä

NGS-menetelmä (Next Generation Sequencing). Kirjastojen valmistukseen käytetään hybrid capture - menetelmää (Sophia Genetics CCE_A_v1), ja kirjastot sekvensoidaan NextSeq-sekvensaattorilla (Illumina).

Bioinformatiikka-analyysiin käytetään Sophia DDM-ohjelmistoa (Sophia Genetics).

Tulos valmiina

4-8 viikon kuluessa.

Näyteastia

10 ml EDTA-vakuumiputki.

Näyte (minimi)

10 ml EDTA-verta.

Näytteen säilytys

2-3 vrk huoneenlämmössä, pidempi säilytys -20 °C.

Näytteen lähetys

Ma-to huoneenlämmössä postin pikapakettina.

Tulkinta

Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto. Tutkimuksella voidaan todeta pienet yksittäisten emästen muutokset (snv/indel), pienet alle 50 bp indel-mutaatiot sekä kopiolukumuutokset, joiden koko on yli 2 eksonia. Todetuista varianteista lausutaan patogeeniset ja todennäköisesti patogeeniset mutaatiot ja merkitykseltään epäselvät variantit. Lausunnossa ilmoitetaan tutkitut alueet, peitto kohdealueilla ja mahdolliset matalan peiton alueet. Todettu mutaatio varmistetaan Sanger-sekvensoinnilla, jos sen peitto on alle 50x.

Tutkimukseen sisältyy MLH1- ja MSH2-geenien kopiolukuanalyysi MLPA-menetelmällä. Tulokset tulkitaan käyttämällä GeneMarker-ohjelmistoa.

Linkit

1.Genetic predisposition to colorectal cancer: syndromes, genes, classification of genetic variants and implications for precision medicine. Valle L, Vilar E, Tavtigian SV and Stoffel EM. J Pathol. 2019;247(5):574-88.

2.Cancer risk and survival in path_MMR carriers by gene and gender up to 75 years of age: a report from the Prospective Lynch Syndrome Database. Möller P, Seppälä TT, Bernstein I, et al. Gut. 2018; 67(7):1306-16.

3.Lynchin oireyhtymän diagnostiikka ja hoito. Toni Seppälä, Kirsi Pylvänäinen, Laura Renkonen-Sinisalo, ym.

Lääketieteellinen Aikakauskirja Duodecim 2016;132(3):233-40.

4.Vasen HF, Blanco I, Aktan-Collan K, ym. Revised guidelines for the clinical management of Lynch syndrome (HNPCC): recommendations by a group of European experts. Gut 2013;62:812-23.

5.NCCN Guidelines Insights, Genetic/Familial High-Risk Assessment: Breast and Ovarian, Version 3.2019.

6.Perinnöllisen syöpäalttiuden tunnistamisella on merkitystä myös gynekologisten syöpien ehkäisyssä. Auranen A. Duodecim 2018; 134: 1262-4.

7.Kankuri-Tammilehto M, Vihinen P, Schleutker J. Syövän perinnöllisyys. Suomen Lääkärilehti 2019;14:880-9

Yhteyshenkilöt

TYKS: Sairaalageneetikko (02) 313 7475.

Vaasan KS: Kemisti Jukka Salminen p. (06) 213 2529

Muutokset

*23.9.2019 Uusi tutkimus