Vaasa, laboratorio-ohjekirjaVaasa, laboratorio-ohjekirjaSe även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset |Tiedotteet
1.2.2019
HUSLAB/Genetiikan laboratorio (09) 4717 4339
Tauteja aiheuttavia mitokondrioiden DNA:n (mtDNA) mutaatioita on kirjallisuudessa kuvattu yli 100. Ne selittävät kirjallisuuden mukaan 20-30 % lapsuusiän monimuotoisista mitokondriotaudeista, joihin liittyy hengitysketjun entsyymipuutos (esim. enkefalomyopatiat, vaikeat laktasidoosit, Leigh'n enkefalopatiat, kuuloviat, kardiomyopatiat). mtDNA:n mutaatiot ovat myös useiden aikuisiän lihastautien, keskushermosto-oireistojen (esim. stroke-tyyppiset kohtaukset lapsuus-, nuoruus- tai aikuisiällä, erityyppiset monimuotoiset neurodegeneratiiviset sairaudet, neuropsykiatriset oireistot, epilepsiat), sensorineuraalisten kuulovikojen, Leber-tyyppisten optikusatrofioiden ja kardiomyopatioiden taustalla. Yleensä näiden tautien taudinkulku on progressiivinen ja taudit voivat puhjeta millä iällä tahansa.
MtDNA:n pistemutaatiot periytyvät maternaalisesti kaikille lapsille mutaation määrän vaihdellessa sattumanvaraisesti. Mutantin mtDNA:n määrä korreloi yleensä hyvin sairauden vakavuuteen, jos määrä on alhainen, voi henkilö olla täysin oireeton.
Tutkimuksessa analysoidaan mtDNA:n emäkset 41-16465, eli koko mtDNA lukuunottamatta 144 bp kokoista D-loopin aluetta, jossa ei ole kuvattu tauteihin liittyviä mutaatioita. mtDNA-mutaatiotutkimus tehdään tyypillisesti lihasnäytteestä. Verinäyte on sopiva vain poikkeustapauksissa (mm. Leberin periytyvän optikusatrofian ja Leigh'n taudin diagnostiikka).
Koko mtDNA:n kattavan mutaatioanalyysin vaihtoehtona on tilata yksittäisten yleisimpien mtDNA:n pistemutaatioiden analyyseja. Näitä ovat MELAS-syndrooma (mitokondriaalinen enkefalomyopatia, maitohappoasidoosi ja varhaisen iän aivoinfarktit: m.3243A→G eli A3243G-mutaatio, 4665 Ts-MELAS-D tai 4664 B -MELAS-D), MIDD-syndrooma (maternally inherited diabetes and deafness: m.3243A→G eli A3243G-mutaatio, 4665 Ts-MELAS-D tai 4664 B -MELAS-D), NARP- ja MILS-syndroomat (neuropatia, ataksia, retinitis pigmentosa, sekä maternal-inherited Leigh syndrome: 4666 B -NARP-D) ja Leberin optikusatrofia (4672 B-LEBER-D). Suvussa tunnetun mtDNA-mutaation tutkimus voidaan tilata sukulaisen näytteestä numerolla 20464 (B -SEKVY-D) tai 20657 (Ts-SEKVY-D).
Jos halutaan laajempi mitokondriosairauksien etiologinen tutkimus, voidaan mtDNA:n läpisekvensointi tilata samanaikaisesti 40 tuman geenin sekvensoinnin kanssa numerolla 22069 (Ts-NGSpMT1, kudosnäytteestä) tai 22068 (B-NGSpMT1, verestä).
Pääsääntöisesti mitokondriotautiepäilyssä mtDNA:n läpisekvensointi kannattaa tehdä kudosnäytteestä, jolloin pyyntö tehdään tutkimusnumerolla 22065 (Ts-NGSmMT2). Tietyissä poikkeustapauksissa voidaan käyttää verinäytettä, kuten vaikeissa lapsuus- ja nuoruusiän mitokondriosairauksissa ja Leberin periytyvän optikusatrofian ja Leigh'n taudin diagnostiikassa.
MtDNA:n analyysi tulee tehdä potilaan lihasnäytteestä eristetystä DNA:sta, koska mutantti-mtDNA voi valikoitua pois veren soluista, vaikka sitä on muissa kudoksissa. Poikkeuksena tähän ovat sellaiset tautityypit, joissa tiedetään mutantti-mtDNA:n olevan läsnä veressä (Leberin optikusatrofia, NARP, MILS) ja nuoruus- ja lapsuusiän vaikeat mitokondriotaudit.
NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi).
Kymmenen viikon kuluessa.
10 ml EDTA-putki (liila korkki).
6-10 ml (3 ml) EDTA-verta.
Ma - pe huoneenlämmössä. Näyte ei saa jäätyä.
Lausunto.
DNA-muutosten tunnistamiseen ja tulosten tulkintaan käytetään Torrent Serverin varianttitunnistusta ja laboratorion omaa analyysilinjastoa. Mikäli mutaatioanalyysissä löytyy mtDNA:n mutaatio, joka on aiemmin todettu patogeeniseksi, löydös on diagnostinen taudille. Patogeeniset mutaatiot esiintyvät yleensä heteroplasmisina eli näytteessä on mutantti-mtDNA:ta ja normaalia mtDNA:ta. Muutamissa poikkeustapauksissa, kuten Leberin optikusatrofiassa ja Leigh'n taudissa, on läsnä lähes pelkästään mutantti muoto (homoplasminen mutaatio).
Mikäli analyysissä löytyy uusi mtDNA:n variantti, jota ei ole aiemmin raportoitu patologisena tai normaalivarianttien tietokannoissa, variantin patogeenisyyden selvittämiseksi tarvitaan jatkotutkimuksia, esim. variantin tutkimus perheenjäsenten näytteistä.
Ammattilaisneuvonta Pohjanmaa 041 7314 786.
*1.2.2019 Uusi tutkimus.