Vaasan keskussairaala, laboratorio-ohjekirja

Se även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset | Tiedotteet

B -Mitokondrio-DNA:n läpisekvensointi NGS-menetelmällä, verestä (22064 B -NGSmMT2 )

Tarkistettu

1.2.2019

Tekopaikka

HUSLAB/Genetiikan laboratorio (09) 4717 4339

Yleistä

Tauteja aiheuttavia mitokondrioiden DNA:n (mtDNA) mutaatioita on kirjallisuudessa kuvattu yli 100. Ne selittävät kirjallisuuden mukaan 20-30 % lapsuusiän monimuotoisista mitokondriotaudeista, joihin liittyy hengitysketjun entsyymipuutos (esim. enkefalomyopatiat, vaikeat laktasidoosit, Leigh'n enkefalopatiat, kuuloviat, kardiomyopatiat). mtDNA:n mutaatiot ovat myös useiden aikuisiän lihastautien, keskushermosto-oireistojen (esim. stroke-tyyppiset kohtaukset lapsuus-, nuoruus- tai aikuisiällä, erityyppiset monimuotoiset neurodegeneratiiviset sairaudet, neuropsykiatriset oireistot, epilepsiat), sensorineuraalisten kuulovikojen, Leber-tyyppisten optikusatrofioiden ja kardiomyopatioiden taustalla. Yleensä näiden tautien taudinkulku on progressiivinen ja taudit voivat puhjeta millä iällä tahansa.

MtDNA:n pistemutaatiot periytyvät maternaalisesti kaikille lapsille mutaation määrän vaihdellessa sattumanvaraisesti. Mutantin mtDNA:n määrä korreloi yleensä hyvin sairauden vakavuuteen, jos määrä on alhainen, voi henkilö olla täysin oireeton.

Tutkimuksessa analysoidaan mtDNA:n emäkset 41-16465, eli koko mtDNA lukuunottamatta 144 bp kokoista D-loopin aluetta, jossa ei ole kuvattu tauteihin liittyviä mutaatioita. mtDNA-mutaatiotutkimus tehdään tyypillisesti lihasnäytteestä. Verinäyte on sopiva vain poikkeustapauksissa (mm. Leberin periytyvän optikusatrofian ja Leigh'n taudin diagnostiikka).

Koko mtDNA:n kattavan mutaatioanalyysin vaihtoehtona on tilata yksittäisten yleisimpien mtDNA:n pistemutaatioiden analyyseja. Näitä ovat MELAS-syndrooma (mitokondriaalinen enkefalomyopatia, maitohappoasidoosi ja varhaisen iän aivoinfarktit: m.3243A>G eli A3243G-mutaatio, 4665 Ts-MELAS-D tai 4664 B -MELAS-D), MIDD-syndrooma (maternally inherited diabetes and deafness: m.3243A>G eli A3243G-mutaatio, 4665 Ts-MELAS-D tai 4664 B -MELAS-D), NARP- ja MILS-syndroomat (neuropatia, ataksia, retinitis pigmentosa, sekä maternal-inherited Leigh syndrome: 4666 B -NARP-D) ja Leberin optikusatrofia (4672 B-LEBER-D). Suvussa tunnetun mtDNA-mutaation tutkimus voidaan tilata sukulaisen näytteestä numerolla 20464 (B -SEKVY-D) tai 20657 (Ts-SEKVY-D).

Jos halutaan laajempi mitokondriosairauksien etiologinen tutkimus, voidaan mtDNA:n läpisekvensointi tilata samanaikaisesti 40 tuman geenin sekvensoinnin kanssa numerolla 22069 (Ts-NGSpMT1, kudosnäytteestä) tai 22068 (B-NGSpMT1, verestä).

Indikaatiot

Pääsääntöisesti mitokondriotautiepäilyssä mtDNA:n läpisekvensointi kannattaa tehdä kudosnäytteestä, jolloin pyyntö tehdään tutkimusnumerolla 22065 (Ts-NGSmMT2). Tietyissä poikkeustapauksissa voidaan käyttää verinäytettä, kuten vaikeissa lapsuus- ja nuoruusiän mitokondriosairauksissa ja Leberin periytyvän optikusatrofian ja Leigh'n taudin diagnostiikassa.

Esivalmistelut

MtDNA:n analyysi tulee tehdä potilaan lihasnäytteestä eristetystä DNA:sta, koska mutantti-mtDNA voi valikoitua pois veren soluista, vaikka sitä on muissa kudoksissa. Poikkeuksena tähän ovat sellaiset tautityypit, joissa tiedetään mutantti-mtDNA:n olevan läsnä veressä (Leberin optikusatrofia, NARP, MILS) ja nuoruus- ja lapsuusiän vaikeat mitokondriotaudit.

Menetelmä

NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi).

Tulos valmiina

Kymmenen viikon kuluessa.

Näyteastia

10 ml EDTA-putki (liila korkki).

Näyte (minimi)

6-10 ml (3 ml) EDTA-verta.

Näytteen säilytys

+ 20 °C 1-3 vrk jääkaapissa.

Näytteen lähetys

Ma - pe huoneenlämmössä. Näyte ei saa jäätyä.

Viitearvot

Lausunto.

Tulkinta

DNA-muutosten tunnistamiseen ja tulosten tulkintaan käytetään Torrent Serverin varianttitunnistusta ja laboratorion omaa analyysilinjastoa. Mikäli mutaatioanalyysissä löytyy mtDNA:n mutaatio, joka on aiemmin todettu patogeeniseksi, löydös on diagnostinen taudille. Patogeeniset mutaatiot esiintyvät yleensä heteroplasmisina eli näytteessä on mutantti-mtDNA:ta ja normaalia mtDNA:ta. Muutamissa poikkeustapauksissa, kuten Leberin optikusatrofiassa ja Leigh'n taudissa, on läsnä lähes pelkästään mutantti muoto (homoplasminen mutaatio).

Mikäli analyysissä löytyy uusi mtDNA:n variantti, jota ei ole aiemmin raportoitu patologisena tai normaalivarianttien tietokannoissa, variantin patogeenisyyden selvittämiseksi tarvitaan jatkotutkimuksia, esim. variantin tutkimus perheenjäsenten näytteistä.

Yhteyshenkilöt

Huslab: Lääkäri: molgenlab(at)hus.fi / 09 471 75905 ja lääkäri Anu Wartiovaara: anu.wartiovaara(at)helsinki.fi / (09) 471 71965

Kemisti Jukka Salminen p. (06\) 213 2529

Muutokset

*1.2.2019 Uusi tutkimus.