Vaasan keskussairaala, laboratorio-ohjekirja

Se även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset | Tiedotteet

Bm-E2A-PBX1 geenien fuusio-RNA, kvant. jäännöstautianalyysi luuytimestä (6110 Bm-E2A-qR )

Tarkistettu

15.10.2018

Tekopaikka

TYKS Laboratoriotoimialue/ Molekyylihematologia.

Yleistä

E2A-PBX1 -fuusiogeeni liittyy kromosomitranslokaatioon t(1:19)(q23:p13), jota havaitaan n. 3 - 5 %:ssa lasten B-soluisia akuutteja lymfoblastileukemioita (B-ALL) ja n. 3 %:ssa aikuisten B-ALL:ia. PBX-geenillä käytetään kirjallisuudessa myös synonyymiä PRL. Noin 95 %:ssa t(1:19) tapauksista havaitaan E2A-PBX1 -fuusiogeenin ekspressio. Loput t(1:19) tapaukset ovat E2A-PBX1 -negatiivisia eikä niissä ole E2A-geenin rakennemuutosta.

E2A-geenissä katkoskohdat sijaitsevat lähes yksinomaan 3.5 kb:n mittaisessa intronissa eksonien 13 ja 14 välissä. PBX1-geenin katkosalueet ovat vähemmän hyvin tunnettuja, mutta sijaitsevat n. 50 kb:n intronialueella eksonien 1 ja 2 välissä. Suurimmassa osassa tapauksia havitaan fuusio E2A exon 13 - PBX1 exon 2. Noin 5 - 10 %:ssa tapauksia havaitaan variantti fuusio, jossa junktiokohtaan on vaihtoehtoisen pujonnan seurauksena insertoitunut 27 nukleotidia. Tässä tutkimuksessa voidaan havaita sekä yleisin transkripti (e13e2) että sen varianttimuoto.

Molekyyligeneettisessä jäännöstautianalyysissä tutkitaan kvantitatiivisella TaqMan-PCR-tekniikalla fuusiogeenin tuottaman lähetti-RNA:n määrää Europe Against Cancer (EAC) -protokollan (Gabert et al. Leukemia 2003) mukaisella E2A-PBX1 -alukeyhdistelmällä. Kontrollina toimivan ABL-geenin monistuksessa käytetään myös EAC:n protokollan mukaisia alukkeita (Beillard et al. Leukemia 2003).

Indikaatiot

Jäännöstautianalytiikka kun potilaalta on tunnistettu diagnoosivaiheen näytteestä kyseinen fuusiolähetti.

Esivalmistelut

Näyte voidaan ottaa vain maanantaista torstaihin klo 14 mennessä, ei arkipyhää edeltävänä päivänä. Tutkimus on tehtävissä myös verestä, ks. 6113 B -E2A-qR.

Menetelmä

Kvantitatiivinen TaqMan-PCR.

Tekotiheys

Tarvittaessa.

Näyteastia

4 ml CPT-putki. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 mL draw capacity.

Näytteenotto

Sitraattiruiskulla n. 3 ml luuydinaspiraattia CPT-putkeen. Heti näytteenoton jälkeen sekä ennen sentrifugointia putkea tulee käännellä 8-10 kertaa ylösalaisin. Sentrifugointi (30 min, 1600 g, huoneenlämpö 18-25 °C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 5-10 kertaa ylösalaisin.

Luuydinbiopsia steriiliin keittosuolaa sisältävään pieneen putkeen.

Näyte (minimi)

4 ml (3 ml) luuydintä.

Näytteen lähetys

Ma-to huoneenlämmössä postin pikapakettina.

Tulkinta

Lausunto.

Yhteyshenkilöt

TYKS Laboratoriotoimialue

Sairaalageneetikot: 050 515 0361, (02) 313 3897, 050 340 8701, (02) 313 7156

Lääkärit: 050 597 2027, 050 411 2237

Vaasan KS: Kemisti Jukka Salminen p. (06) 213 2529

Muutokset

*15.10.2018 Uusi tutkimus