Vaasan keskussairaala, laboratorio-ohjekirja

Se även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset | Tiedotteet

Bm-MLL-AF4 geenien fuusio-RNA, kvant. jäännöstautianalyysi luuytimestä (6117 Bm-MLL-qR )

Tarkistettu

15.10.2018

Tekopaikka

TYKS Laboratoriotoimialue / Molekyylihematologia.

Yleistä

MLL-AF4 -fuusiogeeni liittyy kromosomitranslokaatioon t(4:11)(q21:q23), joka on yleisin 11q23-alueen translokaatio precursor-B akuuteissa lymfoblastileukemioissa (pre-B-ALL). Translokaatioon osallistuvista geeneistä käytetään kirjallisuudessa synonyymejä HRX, HTRX ja ALL1 (MLL) sekä FEL (AF4). MLL-AF4 fuusiogeeniä havaitaan 5 %:ssa ALL-tapauksia. Vastasyntyneiden ALL:ssa ja hoitoihin liittyvissä ALL-tapauksissa sitä havaitaan 40-60 %:ssa. Kyseisen fuusiogeenin tai yleensäkin MLL-geenin translokaatioiden löytymistä pidetään huonon ennusteen merkkinä.

MLL-geenin katkoskohdat sijoittuvat eksonien 8 ja 12 välisiin introneihin. AF4-geenin katkoskohdat sijoittuvat eksonien 3 ja 7 välisiin introneihin. Jotkut transkriptit ovat yleisempiä lapsilla ja toiset aikuisilla. Tutkimuksessa käytetyillä alukeyhdistelmillä voidaan havaita fuusiotranskriptit e9e5,e9e4,e10e5,e10e4,e11e5, e11e4, jotka muodostavat 90 % muiden kuin vastasyntyneiden ja 60 % vastasyntyneiden MLL-AF4 -fuusiotranskripteista.

Molekyyligeneettisessä jäännöstautianalyysissä tutkitaan kvantitatiivisella TaqMan-PCR-tekniikalla fuusiogeenin tuottaman lähetti-RNA:n määrää Europe Against Cancer (EAC) -protokollan (Gabert et al. Leukemia 2003) mukaisella MLL-AF4 -alukeyhdistelmällä. Kontrollina toimivan ABL-geenin monistuksessa käytetään myös EAC:n protokollan mukaisia alukkeita (Beillard et al. Leukemia 2003).

Indikaatiot

Jäännöstautianalytiikka kun potilaalta on tunnistettu diagnoosivaiheen näytteestä kyseinen fuusiolähetti.

Esivalmistelut

Näyte voidaan ottaa vain maanantaista torstaihin klo 14 mennessä, ei arkipyhää edeltävänä päivänä. Tutkimus on tehtävissä myös verestä, ks. 6116 B -MLL-qR.

Menetelmä

Kvantitatiivinen TaqMan-PCR.

Tekotiheys

Tarvittaessa.

Näyteastia

4 ml CPT-putki. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 mL draw capacity.

Näytteenotto

Sitraattiruiskulla n. 3 ml luuydinaspiraattia CPT-putkeen. Heti näytteenoton jälkeen sekä ennen sentrifugointia putkea tulee käännellä 8-10 kertaa ylösalaisin. Sentrifugointi (30 min, 1600 g, huoneenlämpö 18-25 °C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 5-10 kertaa ylösalaisin.

Näyte (minimi)

4 ml (3 ml) luuydintä.

Näytteen lähetys

Ma-to huoneenlämmössä postin pikapakettina.

Tulkinta

Lausunto.

Yhteyshenkilöt

TYKS Laboratoriotoimialue

Sairaalageneetikot: 050 515 0361, (02) 313 3897, 050 340 8701, (02) 313 7156

Lääkärit: 050 597 2027, 050 411 2237

Vaasan KS: Kemisti Jukka Salminen p. (06) 213 2529

Muutokset

*15.10.2018 Uusi tutkimus