Vaasan keskussairaala, laboratorio-ohjekirja

Se även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset | Tiedotteet

Bm-TEL-AML1 geenien fuusio-RNA, kvant. jäännöstautianalyysi luuytimestä (6125 Bm-TEL-qR )

Tarkistettu

15.10.2018

Tekopaikka

TYKS Laboratoriotoimialue/ Molekyylihematologia.

Yleistä

TEL-AML1 -fuusiogeeni liittyy kromosomitranslokaatioon t(12:21)(p13:q22), jota löydetään n. 25 %:lta lapsuusiän akuutteja lymfoblastileukemiatapauksia (ALL). Fuusioon liittyvistä geeneistä käytetään kirjallisuudessa myös synonyymisiä nimiä ETV6 (TEL) ja CBFA2 tai RUNX (AML1). Molemmat fuusioon osallistuvat geenit koodaavat normaalille hematopoieesille kriittisiä tuman transkriptiofaktoreita.

Katkoskohta TEL-geenissä on lähes aina intronissa 5. Joissakin hyvin harvinaisissa tapauksissa katkoskohta voi sijaita myös TEL-geenin intronissa 4. AML1-geenissä havaitaan kahta eri katkosaluetta: ns. major-katkosalue intronissa 1 tuottaa TEL exon 5- AML1 exon 2-transkriptin ja ns. minor-katkosalue intronissa 2 tuottaa 39 bp lyhyemmän TEL exon 5- AML1 exon 3- transkriptin. Minor-katkosalue kattaa n. 10 % TEL-AML1 -positiivisista tapauksista. Minor-transkripti havaitaan myös AML1 exon 2-fuusiotapauksissa sekä AML1 exon 3 puuttuessa, joissa selityksenä on vaihtoehtoinen pujonta. TEL-AML1 -fuusiogeenin löytymistä on perinteisesti pidetty hyvän ennusteen merkkinä. Tällä tutkimuksella voidaan tunnistaa nämä kaksi yleisintä transkriptia (e5e2, e5e3), mutta ei esimerkiksi harvinaisia TEL-geenin exon 4 fuusioita.

Molekyyligeneettisessä jäännöstautianalyysissä tutkitaan kvantitatiivisella TaqMan-PCR-tekniikalla fuusiogeenin tuottaman lähetti-RNA:n määrää Europe Against Cancer (EAC) -protokollan (Gabert et al. Leukemia 2003) mukaisella TEL-AML1 -alukeyhdistelmällä. Kontrollina toimivan ABL-geenin monistuksessa käytetään myös EAC:n protokollan mukaisia alukkeita (Beillard et al. Leukemia 2003).

Indikaatiot

Jäännöstautianalytiikka kun potilaalta on tunnistettu diagnoosivaiheen näytteestä kyseinen fuusiolähetti.

Esivalmistelut

Näyte voidaan ottaa vain maanantaista torstaihin klo 14 mennessä, ei arkipyhää edeltävänä päivänä. Tutkimus on tehtävissä myös verestä, ks. 6127 B -TEL-qR.

Menetelmä

Kvantitatiivinen TaqMan-PCR.

Tekotiheys

Tarvittaessa.

Näyteastia

4 ml CPT-putki. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 mL draw capacity.

Näytteenotto

Sitraattiruiskulla n. 3 ml luuydinaspiraattia CPT-putkeen. Heti näytteenoton jälkeen sekä ennen sentrifugointia putkea tulee käännellä 8-10 kertaa ylösalaisin. Sentrifugointi (30 min, 1600 g, huoneenlämpö 18-25 °C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 5-10 kertaa ylösalaisin.

Luuydinbiopsia steriiliin keittosuolaa sisältävään pieneen putkeen.

Näyte (minimi)

4 ml (3 ml) luuydintä.

Näytteen lähetys

Ma-to huoneenlämmössä postin pikapakettina.

Tulkinta

Lausunto.

Yhteyshenkilöt

TYKS Laboratoriotoimialue

Sairaalageneetikot: 050 515 0361, (02) 313 3897, 050 340 8701, (02) 313 7156

Lääkärit: 050 597 2027, 050 411 2237

Vaasan KS: Kemisti Jukka Salminen p. (06\) 213 2529

Muutokset

*15.10.2018 Uusi tutkimus