Vaasa, laboratorio-ohjekirja

B -Myotonia congenita, CLCN1-geenin laaja mutaatiohaku, DNA-tutkimus (8509 B -CLCNL-D )

Se även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset |Tiedotteet

Tarkistettu

25.7.2023

Analysoiva laboratorio

NordLab Genetiikan laboratorio/040 635 6318, sairaalageneetikko 040 635 6302 tai Nordlab asiakaspalvelu 030 660 6767.

Lähete

Nordlab Genetiikan laboratorion lähete.

Yleistä

Kongenitaalinen myotonia (dominantti Thomsenin tauti sekä resessiivinen ns. Beckerin myotonia) aiheutuu CLCN1-kloridikanavageenin mutaatioista, joita tunnetaan yli 80. Resessiiviset mutaatiot ovat yleisimpiä mutta dominanttejakin esiintyy. Lisäksi osa mutaatioista voi periytyä sekä resessiivisesti että dominantisti. Pohjois-Skandinaviassa esiintyvät tavallisimmat pistemutaatiot ovat c.1238T→G (p.F413C), c.1675C→T (p.A531V) ja c.2680C→T (p.R894X), mutta myös muita mutaatioita esiintyy.

Indikaatiot

Kliininen epäily kongenitaalisesta myotoniasta: lihasjäykkyys, lihasten hypertrofia, EMG-löydökset.

Esivalmistelut

Näytteenotto maanantaista torstaihin, ei arkipyhää edeltävänä päiväna.

Menetelmä

CLCN1-geenin koodaavan alueen sekvensointi (NGS) käyttäen TWIST Bioscience Comprehensive exome kirjastokittiä ja Illuminan NextSeq550 laitteistoa. Tarvittaessa tutkimusta täydennetään perinteisellä SAnger-sekvensoinnilla.

Tulos valmiina

kahden kuukauden kuluessa.

Näyteastia

5 ml EDTA-putki (liila korkki). Hepariini ei käy analyysiin.

Näyte (minimi)

5 ml EDTA-verta.

Näytteen lähetys

Ma - to huoneenlämpöisenä +20 °C styroxpakkauksessa pika- tai ykköspostina osoitteeseen:

NordLab Oulu Genetiikan laboratorio

PL 500

90029 OYS

Viitearvot

Lausunto.

Tulkinta

Sekvenssidatan analysointiin ja tulosten tulkintaan käytetään Sophia DDM ja Integrative Genome Viewer (IGV) -analysointiohjelmia. Lisäksi DNA-muutosten kliinisen merkityksen arvioinnissa käytetään populaatiovariaatio- ja varianttitietokantoja. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan tutkitut alueet, kattavuus kohdealueilla ja todetut muutokset sekä arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve (esim. vanhempien tutkimukset). Lausunnossa ei ilmoiteta harmittomiksi luokiteltuja variantteja. Menetelmä tunnistaa geenien koodaavien alueiden sekvenssimuutokset (SNV/indel) sekä vähintään 2 eksonia kattavat kopiolukumuutokset (CNV). Mutaation löytyminen kummastakin CLCN1 geenikopiosta (joko homotsygotia tai yhdistelmäheterotsygotia) varmistaa diagnoosin. Vain toisesta geenikopiosta (heterotsygotia) esiintyvä mutaatio oireisella henkilöllä voi merkitä kantajuutta tai dominanttia tautia.

Lisätietoja

Ammattilaisneuvonta Pohjanmaa 041 7314 786

Muutokset

*2.12.2014 Tutkimuslyhenne muuttunut.
*25.7.2023 Menetelmätietojen päivitys.