Vaasan keskussairaala, laboratorio-ohjekirja

Se även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset | Tiedotteet

Bm-Nukleofosmiinigeenin mutaatioanalyysi, luuydin (9890 Bm-NPM1-D )

Tarkistettu

10.10.2018

Tekopaikka

TYKS Laboratoriotoimialue/ Molekyylihematologia.

Yleistä

Kromosomissa 5 sijaitseva nukleofosmiinigeeni (NPM1) koodaa multifunktionaalista fosfoproteiinia, jolla on tärkeä rooli sekä ribosomin biogeneesissä että sentrosomin kahdentumisessa. Lisäksi sen oletetaan osallistuvan myös p19-p53- tuumorisupressoriproteiini -reaktioketjujen säätelyyn. Nukleofosmiiniproteiini sukkuloi tuman ja sytoplasman välillä ja sitä on tavallisesti runsaimmin nukleoluksessa. Noin kolmanneksella primääristä AML:aa sairastavista on havaittavissa mutaatioita nukleofosmiinigeenissä, mikä aiheuttaa proteiinin sytoplasmisen lokalisaation.

Havaitut mutaatiot ryvästyvät NPM1-geenin eksoniin 12 ja ne ovat useimmiten tyypiltään lyhyitä duplikaatioita, insertioita sekä insertion ja deleetion yhdistelmiä. PCR-analyysissä mutaatio on tavallisesti havaittavissa neljän nukleotidin pidentymänä, jonka yksityiskohtainen rakenne on selvitettävissä DNA-sekvensoinnilla.

NPM1-geenin mutaatioita ei ole kuvattu AML-potilailla, joilla esiintyy spesifisiä kromosomitranslokaatioita, ja valtaosa (80 - 90 %) NPM1-mutaatiopositiivista AML-potilaista onkin karyotyypiltään normaaleja. Normaalin karyotyypin lisäksi myös leukeemisten solujen immunofenotyypitystulos voi viitata mahdolliseen NPM1-mutaatioon, sillä yli 90 % näistä potilaista on negatiivisia CD34-kantasolumarkkerin suhteen. NPM1-geenin mutaatiot liittyvät hyvään ennusteeseen karyotyypiltään normaaleilla AML-potilailla, joilla ei esiinny FLT3-geenin mutaatiota.

Bm-NPM1-D-tutkimuksessa diagnoosivaiheen näytteestä PCR-monistetaan osa NPM1-geenin eksonia 12 ja PCR-tuote kokoerotellaan kapillaarielektroforeesilla pituusmutaation osoittamiseksi. Mutaation rakenne selvitetään sekvensoinnilla ja siihen suunnitellaan mutaatiospesifinen PCR-aluke, jota voidaan käyttää TaqMan-PCR -pohjaisessa jäännöstautianalyysissä (katso tutkimus Bm-NPM1-QD ja B-NPM1-QD). Jäännöstautianalyysi perustuu TaqMan-PCR-tekniikkaan, jossa on mukana mutaatiospesifinen aluke.

Analyysin herkkyys tutkitaan diagnoosivaiheen näytteestä tehdyn log-lineaarisen laimennossarjan avulla, ja tästä laimennossarjasta tehtyä standardikuvaajaa käytetään PCR-positiivisen seurantanäytteen jäännöstaudin kvantitointiin.

Indikaatiot

AML:n diagnoosivaiheen tutkimus.

Esivalmistelut

Näyte voidaan ottaa vain maanantaista torstaihin klo 14 mennessä, ei arkipyhää edeltävänä päivänä. Tutkimus voidaan tehdä myös verestä, ks. 11940 B -NPM1-D.

Menetelmä

PCR ja fragmenttianalyysi, tarvittaessa DNA-sekvensointi.

Tulos valmiina

Kuukauden kuluessa.

Näyteastia

4 ml CPT-putki. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 mL draw capacity.

Näytteenotto

Sitraattiruiskulla n. 3 ml luuydinaspiraattia CPT-putkeen. Heti näytteenoton jälkeen sekä ennen sentrifugointia putkea tulee käännellä 8-10 kertaa ylösalaisin. Sentrifugointi (30 min, 1600 g, huoneenlämpö 18-25 °C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 5-10 kertaa ylösalaisin.

Näyte (minimi)

4 ml (3 ml) luuydintä.

Näytteen lähetys

Näytteenottopäivänä huoneenlämmössä styrox-kotelossa postitse.

Tulkinta

Lausunto.

Yhteyshenkilöt

TYKS Laboratoriotoimialue

Sairaalageneetikot: 050 515 0361, (02) 313 3897, 050 340 8701, (02) 313 7156

Lääkärit: 050 597 2027, 050 411 2237

Vaasan KS: Kemisti Jukka Salminen p. (06\) 213 2529

Muutokset

*10.10.2018 Tekopaikkamuutos.