Vaasan keskussairaala, laboratorio-ohjekirja

Se även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset | Tiedotteet

Ts-KIT-geenin eksoni 17:n sekvensointi kudoksesta (12301 Ts-KITsekv )

Tarkistettu

15.10.2018

Tekopaikka

TYKS Laboratoriotoimialue / Molekyylihematologia.

Yleistä

KIT-proto-onkogeeni (c-KIT) sijaitsee kromosomissa 4q12 ja se koodaa luokan III transmebraanista reseptorityrosiinikinaasia (CD117). Normaalisti tämän CD117-molekyylin dimerisoituminen ja aktvoituminen vaativat eksogeenistä kantasolufaktoria (SCF), mutta c-KIT-geenin mutaatiot voivat aiheuttaa reseptorin konstitutiivisen aktivaation. Aktivoivia mutaatioita, erityisesti kinaasialayksikköä koodaavassa eksonissa 17, mutta myös muissa eksoneissa, tavataan useassa eri taudissa. c-KIT-geenin mutaatioita esiintyy mm. akuutissa myelooisessa leukemiassa (AML), systeemisessä mastosytoosissa sekä ns. GIST-kasvaimissa (gastrointestinal stromal tumors).

AML:ssa yleisesti esiintyvät kromosomimuutokset t(8:21) ja inv(16)/t(16:16) aikaansaavat AML1-ETO ja CBFB-MYH11-fuusiogeenien muodostumisen. Näitä kromosomimuutoksia kantavia leukemioita kutsutaan myös yhteisnimellä CBF-leukemiat, koska molemmissa leukemiatyypeissä jompikumpi core binding factor- transkriptiofaktorin (CBF) alfa- tai beta-alayksiköistä on osallisena muutokseen (AML1=CBF-alfa, CBFB=CBF-beta). Yleisesti ottaen CBF-AML:ssa on hyvä ennuste, mutta ryhmän sisällä esiintyy heterogeenisyyttä.

Kirjallisuuden mukaan erilaisia c-KIT-geenin mutaatioita on osoitettu jopa 46 %:lla aikuisista CBF-AML-potilaista. Yleisimpinä mutaatioina on kuvattu kodonin 816 pistemutaatioita sekä eksoni 8:n deleetio-/insertiomutaatioita. Useiden tutkimusten mukaan c-KIT-geenin mutaatiot liittyvät huonoon ennusteeseen nimenomaan t(8:21)-muutosta kantavilla CBF-AML-potilailla. Ennusteellinen merkitys on osoitettu kaikkein selvimmin tyrosiinikinaasi-alayksikköön (TKD) sijoittuvan D816-kodonin mutaatioiden suhteen. Yleisin valtamutaatio muuttaa kodonin 816 aspartaatin valiiniksi (D816V), mutta harvinaisempina esiintyy myös muita saman kodonin mutaatioita (esim. D816Y ja D816H). Lapsuusiän AML:ssa noin 17 % t(8:21)-positiivista kantaa leukeemisissa soluissaan myös c-KIT-geenin eksonin 17 mutaatiota, yleensä mutaatio on kuitenkin joku muu kuin D816V. Myös näillä potilailla mutaatio liittyy huonoon ennusteeseen. Tästä syystä c-KIT-geenin mutaatioiden määritys olisi tärkeää CBF-leukemiapotilaan ennusteen arvioimiseksi.

Suurimmasta osasta aikuisiän syteemistä mastosytoosia sairastavista voidaan löytää c-KIT-geenin aktivoiva D816V-pistemutaatio. Se luetaankin yhdeksi WHO:n kriteeriksi systeemisen mastosytoosin diagnosoinnissa. D816V-mutaation määritys on tärkeää myös hoitopäätöksiä tehtäessä, sillä se aiheuttaa kantajalleen resistenssin Imatinibi-hoidolle, joka yleensä tehoaa hyvin muihin c-KIT-geenin jukstamembraanialueen mutaatioihin. Mastosytoosia sairastavilla lapsilla D816V-pistemutaatio on harvinaisempi, mutta suurella osalla havaitaan mutaatioita muissa c-KIT-geenin eksonin 17 kohdissa. Sekvensointi ei välttämättä ole tarpeeksi herkkä menetelmä c-KIT-geenin mutaatioiden detektoimiseksi systeemisessä mastosytoosissa. Siksi yleisimmän mutaation (D816V) selvittämiseksi suositellaan tutkimusnimikettä Bm-KIT816, jossa käytetään herkistettä mutaatiospesifistä PCR-menetelmää.

GIST-kasvaimissa löydetään yleensä joku muu c-KIT-geenin mutaatio kuin D816V, ja niihin Imatinibi-hoito tehoaakin yleensä hyvin. Näissä kasvaimissa havaitaan mutaatioita yleisimmin c-KIT-geenin eksonissa 11, joskus myös eksoneissa 9 ja 13, eivätkä näiden eksonien mutaatiot tule esiin tässä tutkimuksessa.

Indikaatiot

GIST-tuumorit (gastrointestinal stromal tumors).

Esivalmistelut

Näytteenotto ensisijaisesti maanantaista torstaihin klo 14 mennessä, ei arkipyhää edeltävänä päivänä.

Menetelmä

PCR, sekvensointi.

Tekotiheys

Tarvittaessa.

Näyteastia

Tehdaspuhdas muoviputki.

Näytteenotto

Kudosnäyte (esim. pala tuumorikudosta) otetaan steriiliin putkeen ja lisätään vähän keittosuolaliuosta näytteen kuivumisen estämiseksi.

Näyte (minimi)

Kudospala keittosuolaliuoksessa.

Näytteen säilytys

Mikäli kudosnäyte tulee otettavaksi illalla tai viikonloppuna, se säilytetään jääkaapissa ja toimitetaan laboratorioon heti kun mahdollista.

Näytteen lähetys

Ma-to huoneenlämmössä postin pikapakettina (aamuksi 09).

Tulkinta

Lausunto.

Yhteyshenkilöt

TYKS Laboratoriotoimialue

Sairaalageneetikot: 050 515 0361, (02) 313 3897, 050 340 8701, (02) 313 7156

Lääkärit: 050 597 2027, 050 411 2237

Vaasan KS: Kemisti Jukka Salminen p. (06\) 213 2529

Muutokset

*15.10.2018 Uusi tutkimus