Vaasa, laboratorio-ohjekirjaVaasa, laboratorio-ohjekirjaSe även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset | Tiedotteet
23.6.2021
TYKS Laboratoriotoimialue/ Molekyylihematologia.
Tutkimuksella on mahdollista selvittää yleisimmät somaattiset mutaatiot seuraavissa diagnoosiryhmissä: AML, MDS, myeloproliferatiiviset neoplasiat, KML, KMML ja JMML.
Kliiniseen kysymyksenasetteluun perustuen tutkimus on tarvittaessa käytettävissä myös muilla indikaatioilla. Paneeli tullaan erikseen vielä validoimaan KLL:n riskiarviointia varten tarvittavaa TP53-geenin somaattista mutaatioanalytiikkaa varten.
Tutkimus tehdään Illumina TruSight Myeloid NGS-paneelilla, joka kohdistuu 54 geeniin. Näistä 15 geenin eksonit sekvensoidaan kokonaan ja 39 geenin eksonit eniten mutaatioita sisältäviltä alueilta. Tutkittavat geenialueet on jaettu 568 amplikoniin. Paneelin sisältämät oligonukleotidit hybrisoituvat näille 568 alueelle ja kohteet rikastetaan testin eri välivaiheissa sekvensointia varten. Paneeli sisältää seuraavat geenit:
ABL1, ASXL1, AIRX, BCOR, BCORL1, BRAF, CALR, CBL, CBLB, CBLC, CDKN2A, CEBPA, CSF3R, CUX1, DNMT3A, ETV6/TEL, EZH2, FBXW7, FLT3, GATA1, GATA2, GNAS, HRAS, IDH1, IDH2, IKZF1, JAK2, JAK3, KDM6A, KIT, KRAS, MLL, MPL, MYD8B, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PHF6, PTEN, PTPN11, RAD21, RUNX1, SETBP1, SF3B1, SMC1A, SMC3, SRSF2, STAG2, TET2, TP53, U2AF1, WT1 ja ZRSR2.
Tutkimus on tällä hetkellä käytettävissä em. geenien mutaatioiden osoittamisessa, mutta ei poissulkevana tutkimuksena. Detektiorajana käytetään vähintään 200:aa sekvenssilukua amplikonia kohden ja variantin esiintymistä ainakin 5 %:ssa sekvenssiluvuista. Variantit, jotka sijoittuvat matalapeittoisille amplikonialueille, eivät tule analyysissä esiin. Testin sensitiivisyyttä ei ole määritetty. Keskimääräinen pilotointisarjan (n=103) sekvensoinnin lukusyvyys oli yli 7000x ja yli 500x lukysyvyys
saavutettiin yli 97,5%:lle amplikoneista. Nämä ylittävät valmistajan antamat tavoitearvot (keskim. yli 5000x ja yli 500x väh. 95%). Mielenkiinnon kohteena olevien geenien osalta näytteestä saavutettua lukusyvyyttä voidaan tarvittaessa arvioida erikseen.
Tulosten tulkinnassa on otettava huomioon, että sekvensointidatan käsittelyyn käytettävällä ohjelmistolla ei tällä hetkellä voida osoittaa pitkiä (yli 10-15 nukleotidin) insertioita eikä deleetioita. GC-rikkaat geenialueet voivat sekvensoitua suboptimaalisesti. Em. syistä johtuen FLT3-, CALR- ja CEBPA-geenien mutaatiot tulee toistaiseksi poissulkea muilla menetelmillä tehtävillä tutkimuksilla, joille on omat tutkimusnimikkeensä. ASO-PCR jäännöstautianalytiikkaa on yleensä mahdollista suunnitella vain useamman nukleotidin käsittäviin insertioihin tai deleetioihin.
AML: Potilaat, joilla löydös Bm/B-Fuus-mR ja Bm/B-Fuus2-mR tutkimuksissa on negatiivinen
KML: Potilaat, joilla ei ole osoitettavissa BCR-ABL1-fuusiotranskriptiä
Krooniset myeloproliferatiiviset neoplasiat: potilaat, joilla löydös B/Bm-JAK2-D ja B/Bm-CALR-D tutkimuksissa on negatiivinen.
Myelodysplastisen syndrooman (MDS), kroonisen myelomonosyyttileukemian (KMML) ja juveniilin myelomonosyyttileukemian(JMML) molekulaarinen diagnostiikka.
Tutkimus voidaan kohdistaa laboratoriossa jo olevaan näytteeseen, josta on aiemmin eristetty DNA. Mikäli laboratoriolla ei ole näytettä, on näytteenotto tilattava erikseen käyttäen nimikkeitä 10797 Bm-Molbiol ja/tai DNA-uutos.
Massiivinen rinnakkaissekvensointi (NGS).
Tarvittaessa. NGS-tutkimuksia voidaan tilata kiireellisenä, tällöin vastausaika on 2-3 viikkoa näytteen saapumisesta laboratorioon. Kiireellisten tutkimusten hintaan lisätään 50% kiireellisyyslisä. Kiireellisen tutkimuksen tilaamisesta tulee aina olla yhteydessä Genetiikan laboratorioon joko sähköpostilla DNAlabra(at)tyks.fi tai puh. 02-3137475.
1000 ng DNA:ta.
Lausunto.
TYKS Laboratoriotoimialuein sairaalageneetikot (02) 3131908, (02) 313 3897, (02) 313 7156, lääkäri (02) 313 2899.
Fimlab Vaasa: Kemisti Jukka Salminen p. (06) 213 2529