Vaasan keskussairaala, laboratorio-ohjekirja

Se även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset | Tiedotteet

__-Myelooisten verisyöpien geenimutaatioiden DNA-sekvensointi (14067 __-MPmut-D )

Tarkistettu

01.10.2018

Tekopaikka

TYKS Laboratoriotoimialue/ Molekyylihematologia.

Yleistä

Tutkimuksella on mahdollista selvittää yleisimmät somaattiset mutaatiot seuraavissa diagnoosiryhmissä: AML, MDS, myeloproliferatiiviset neoplasiat, KML, KMML ja JMML.

Kliiniseen kysymyksenasetteluun perustuen tutkimus on tarvittaessa käytettävissä myös muilla indikaatioilla. Paneeli tullaan erikseen vielä validoimaan KLL:n riskiarviointia varten tarvittavaa TP53-geenin somaattista mutaatioanalytiikkaa varten.

Tutkimus tehdään Illumina TruSight Myeloid NGS-paneelilla, joka kohdistuu 54 geeniin. Näistä 15 geenin eksonit sekvensoidaan kokonaan ja 39 geenin eksonit eniten mutaatioita sisältäviltä alueilta. Tutkittavat geenialueet on jaettu 568 amplikoniin. Paneelin sisältämät oligonukleotidit hybrisoituvat näille 568 alueelle ja kohteet rikastetaan testin eri välivaiheissa sekvensointia varten. Paneeli sisältää seuraavat geenit:

ABL1, ASXL1, AIRX, BCOR, BCORL1, BRAF, CALR, CBL, CBLB, CBLC, CDKN2A, CEBPA, CSF3R, CUX1, DNMT3A, ETV6/TEL, EZH2, FBXW7, FLT3, GATA1, GATA2, GNAS, HRAS, IDH1, IDH2, IKZF1, JAK2, JAK3, KDM6A, KIT, KRAS, MLL, MPL, MYD8B, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PHF6, PTEN, PTPN11, RAD21, RUNX1, SETBP1, SF3B1, SMC1A, SMC3, SRSF2, STAG2, TET2, TP53, U2AF1, WT1 ja ZRSR2.

Tutkimus on tällä hetkellä käytettävissä em. geenien mutaatioiden osoittamisessa, mutta ei poissulkevana tutkimuksena. Detektiorajana käytetään vähintään 200:aa sekvenssilukua amplikonia kohden ja variantin esiintymistä ainakin 5 %:ssa sekvenssiluvuista. Variantit, jotka sijoittuvat matalapeittoisille amplikonialueille, eivät tule analyysissä esiin. Testin sensitiivisyyttä ei ole määritetty. Keskimääräinen pilotointisarjan (n=103) sekvensoinnin lukusyvyys oli yli 7000x ja yli 500x lukysyvyys

saavutettiin yli 97,5%:lle amplikoneista. Nämä ylittävät valmistajan antamat tavoitearvot (keskim. yli 5000x ja yli 500x väh. 95%). Mielenkiinnon kohteena olevien geenien osalta näytteestä saavutettua lukusyvyyttä voidaan tarvittaessa arvioida erikseen.

Tulosten tulkinnassa on otettava huomioon, että sekvensointidatan käsittelyyn käytettävällä ohjelmistolla ei tällä hetkellä voida osoittaa pitkiä (yli 10-15 nukleotidin) insertioita eikä deleetioita. GC-rikkaat geenialueet voivat sekvensoitua suboptimaalisesti. Em. syistä johtuen FLT3-, CALR- ja CEBPA-geenien mutaatiot tulee toistaiseksi poissulkea muilla menetelmillä tehtävillä tutkimuksilla, joille on omat tutkimusnimikkeensä. ASO-PCR jäännöstautianalytiikkaa on yleensä mahdollista suunnitella vain useamman nukleotidin käsittäviin insertioihin tai deleetioihin.

Indikaatiot

AML: Potilaat, joilla löydös Bm/B-Fuus-mR ja Bm/B-Fuus2-mR tutkimuksissa on negatiivinen

KML: Potilaat, joilla ei ole osoitettavissa BCR-ABL1-fuusiotranskriptiä

Krooniset myeloproliferatiiviset neoplasiat: potilaat, joilla löydös B/Bm-JAK2-D ja B/Bm-CALR-D tutkimuksissa on negatiivinen.

Myelodysplastisen syndrooman (MDS), kroonisen myelomonosyyttileukemian (KMML) ja juveniilin myelomonosyyttileukemian(JMML) molekulaarinen diagnostiikka.

Esivalmistelut

Tutkimus voidaan kohdistaa laboratoriossa jo olevaan näytteeseen, josta on aiemmin eristetty DNA. Mikäli laboratoriolla ei ole näytettä, on näytteenotto tilattava erikseen käyttäen nimikkeitä 10797 Bm-Molbiol ja/tai DNA-uutos.

Menetelmä

Massiivinen rinnakkaissekvensointi (NGS).

Tekotiheys

Tarvittaessa.

Näyte (minimi)

1000 ng DNA:ta.

Tulkinta

Lausunto.

Yhteyshenkilöt

TYKS Laboratoriotoimialuein sairaalageneetikot (02) 3131908, (02) 313 3897, (02) 313 7156, lääkäri (02) 313 2899.

Vaasan KS: Kemisti Jukka Salminen p. (06\) 213 2529

Muutokset

*1.10.2017 Uusi tutkimus