Vaasa, laboratorio-ohjekirja

Tarkistettu

11.5.2022

Tekopaikka

Fimlab Vaasa, kliinisen mikrobiologian laboratorio/(06)2132842.

Indikaatiot

Suolistoinfektion epäily erityisesti matkailijoilla ja pakolaisilla, myös epäselvien suolisto-oireiden laaja-alainen etiologinen selvittely.

Esivalmistelut

Tämä tutkimus on tarkoitettu suolisto-oireiden laaja-alaiseen etiologiseen selvittelyyn. Jos epäillään vain tiettyä ulostepatogeeniä tai epidemiaa, tulee tilata ko. patogeenille sopiva tutkimus ja tarvittaessa soittaa laboratorioon asianmukaisen tutkimuksen valitsemiseksi (esim. Yersinia pseudotuberculosis ei kuulu tähän tutkimuspakettiin).

Menetelmä

Menetelmä perustuu reaaliaikaiseen polymeraasiketjureaktioon (RT-PCR) ja on moniosoitustestipaneeli (multiplex). Menetelmällä voidaan ulostenäytteestä osoittaa suolistoinfektioita aiheuttavia viruksia, bakteereita ja parasiittejä.

Tutkimus tunnistaa seuraavat suolistopatogeenit:

• Entamoeba histolytica
• Cryptosporidium spp.
• Giardia lamblia
• Cyclospora cayetanensis
• Vibrio vulnificus
• Vibrio parahaemolyticus
• Vibrio cholerae
• Campylobacter spp. (sis. C. jejuni, C. upsaliensis, C. coli)
• Salmonella spp.
• Clostridioides difficile (tcdA/tcdB)
• Yersinia enterocolitica
• Enterotoksigeeninen E. coli (ETEC)
• Enteropatogeeninen E. coli (EPEC)
• Enteroaggregatiivinen E. coli (EAEC)
• Shigan kaltaista toksiinia tuottava E. coli (STEC [enterohemorraginen E. coli])
• Shiga-toksiinia tuottava E. coli (STEC) -serotyyppi O157:H7
• Enteroinvasiivinen E. coli (EIEC)/Shigella
• Plesiomonas shigelloides
• Ihmisen adenovirus F40/F41
• Norovirus GI ja GII
• Rotavirus A
• Astrovirus
• Sapovirus GI, GII, GIV ja GV

Tulos valmiina

Tutkimusta tehdään mikrobiologian laboratorion aukioloaikoina ja tulos vastataan sähköiseen järjestelmään heti sen valmistuttua.

Näyteastia

Tehdaspuhdas kierrekorkillinen ulostepurkki. HUOM! Muita kuljetusputkia (esim. eSwab, geelikuljetusputki) ei voi käyttää.

Näytteenotto

Näytettä otetaan erityisesti ulosteen limaisista tai veristä kohdista. Näytepurkki tulee sulkea huolellisesti ja purkin pinta desinfioidaan, jos se kontaminoituu ulosteella. Purkki pakataan suljettavaan muovipussiin.

Näyte (minimi)

Tuoretta ulostetta.

Näytteen säilytys

Näyte tulee toimittaa laboratorioon nopeasti, koska monet ulostepatogeenit kuolevat pitempään säilyttäessä. Näyte säilytetään jääkaappilämpötilassa ja kuljetaan kylmäkuljetuksena laboratorioon.

Näytteen lähetys

Tiiviisti suljettu näytepurkki lähetetään muovipussiin pakattuna. Kiireelliset näytteet voi lähettää laboratorioon putkipostilla, jolloin korkin tiiviys on varmistettava.

Viitearvot

Negatiivinen

Tulkinta

Positiivinen lopullinen tulos viittaa vastauksessa mainitun ulostepatogeenin aiheuttaman infektioon. Patogeenilöydös ilmoitetaan vastauksessa. Negatiivinen tulos ei välttämättä sulje pois infektiota, varsinkaan jos näytettä ei ole saatu otettua optimaalisesti tai jos näytettä ei ole säilytetty ohjeen mukaisesti. Tietyt bakteerilöydökset (Salmonella spp., Campylobacter spp., Yersinia enterocolitica, E. coli STEC/EHEC ja EIEC/Shigella) varmistetaan viljelyllä. Viljelyn jälkeen positiivisille löydökselle tehdään herkkyystutkimus, ei kuitenkaan E. coli STEC/EHEC-kannoille. Herkkyystulokset saadaan seuraavana päivänä.

Tutkimuksen rajoitteet: Tutkimus ei huomioi Y. enterocolitican patogeeniominaisuuksia, eikä tunnista Y. pseudotuberculosista. Tutkimus ei erottele Shigellaa ja EIEC:iä toisistaan.

Yhteyshenkilöt

Sairaalamikrobiologi Roosa Jämsén p. 041 730 3503, ylilääkäri Suvi-Sirkku Kaukoranta p. 041 730 3918.

Muutokset

*11.05.2022 Uusi tutkimus