Vaasa, laboratorio-ohjekirja

Tarkistettu

22.11.2019

Analysoiva laboratorio

FIMLAB/genetiikan laboratorio/(03) 3117 5424.

Yleistä

T-solureseptorigeenien klonaalisen uudelleenjärjestymän selvittämistä käytetään malignien lymfoproliferatiivisten sairauksien tutkimuksessa ja erotusdiagnostiikassa. T-solureseptorit (TCR) ovat kaksiosaisia molekyylejä, jotka koostuvat joko yhdestä delta- ja yhdestä gamma-ketjusta tai yhdestä alfa- ja yhdestä beta-ketjusta. T-solujen kypsymisen aikana ketjuja koodaavien geenien hypervariaabelialueilla (antigeeneihin sitoutuvat ns. CDR3-alueet) tapahtuu V-, D- ja J-segmenttien uudelleenjärjestymiä. Geenilokukset uudelleenjärjestyvät tietyssä järjestyksessä: ensin uudelleenjärjestyy TCR-delta, seuraavana TCR-gamma, sitten TCR-beta ja viimeisenä TCR-alfa.

Kromosomialueella 7p14 sijaitseva TCR-gamma -geenilokus soveltuu T-soluklonaliteetin osoittamiseen varhaisen uudelleenjärjestymisen ja yksinkertaisen genomisen rakenteensa vuoksi. Lokuksessa on 14 V-geeniä ja viisi J-geeniä, mutta ei lainkaan D-geenejä. Klonaliteetin osoittavassa PCR-pohjaisessa tutkimuksessa käytetään PCR-alukkeita, jotka sitoutuvat V- ja J-geenien alueelle. Monistuvien fragmenttien koot määritetään kapillaarielektroforeettisesti. Tutkimuksella voidaan luotettavasti osoittaa valtaosa TCR-gamma -geenilokuksen klonaalisista uudelleenjärjestymistä, mikäli klonaalisten solujen osuus T-lymfosyyttipopulaatiosta on vähintään 5 %. Jos klonaalisia soluja on näytteessä alle 5 %, niitä ei välttämättä havaita.

HUOM! Tarvittaessa on mahdollista tehdä tarkempi TCR-gamma -geenin tai muiden TCR-geenien (TCR-beta, TCR-delta) klonaliteettihaku, jossa uudelleenjärjestyneen geenin emäsjärjestys selvitetään sekvensoinnilla. Tämä tutkimus on eri hintainen ja se alihankitaan TYKS Genetiikan laboratoriosta. Mikäli tämä tarkempi tutkimus halutaan, on pyyntö merkittävä selkeästi lähetteeseen.

Indikaatiot

Malignien veritautien diagnoosi, luokittelu sekä taudin seuranta.

Menetelmä

PCR ja fragmenttianalyysi.

Tulos valmiina

3 viikon kuluessa.

Näyteastia

Elatusaineputki tai lisäaineeton muoviputki, jossa keittosuolaliuosta.

Näyte (minimi)

0.5 x 0.5 cm palanen tuumoria genetiikan kudosnäytepurkkiin.

Näytteen säilytys

Huoneenlämmössä.

Näytteen lähetys

Huoneenlämmössä mahdollisimman pian.

Lisätietoja

Ammattilaisneuvonta Pohjanmaa 041 7314 786