Vaasan keskussairaala, laboratorio-ohjekirja

Se även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset | Tiedotteet

__-Bakteeri, nukleiinihappo (kval) (4381 __-BaktNhO )

Tarkistettu

6.6.2018

Tekopaikka

TYKS Laboratoriotoimialue/mikrobiologia. Laboratorio (02) 313 9183, lääkäri: 040 524 1061.

Yleistä

Eri bakteerilajien perimässä on DNA sekvenssejä, jotka ovat evoluution aikana säilyneet lähes muuttumattomina. Näitä geenialueita monistamalla voidaan näytteestä tunnistaa bakteereita, joiden kasvattaminen klassisilla bakteriologisilla menetelmillä on hankalaa, hidasta tai mahdotonta. Tutkimus soveltuu muuten steriileiltä alueilta otettuihin näytteisiin, jos on epäily bakteeri-infektiosta ja bakteeriviljely on negatiivinen esimerkiksi antibioottihoidon tai bakteerin vaikean viljeltävyyden takia.

Indikaatiot

Steriilin alueen bakteeri-infektion epäily, varsinkin bakteeriviljelyn jäädessä negatiiviseksi.

Esivalmistelut

Näytteen käsittelytavasta johtuen näyte tulee ottaa steriilisti erilliseen näyteputkeen, johon ei voida yhdistää muita PCR-tutkimuspyyntöjä.

Menetelmä

Bakteerin osoitus DNA-monistusmenetelmällä (PCR). Positiivisessa tapauksessa bakteeri tunnistetaan määrittämällä ribosomaalista RNA:ta koodaavan geenin emäsjärjestys ja vertaamalla sitä tunnettujen bakteerien sekvensseihin.

Tekotiheys

Tarvittaessa. PCR-vastaus (positiivinen /negatiivinen) seuraavana arkipäivänä. Sekvensointivastaus 2–5 päivää.

Näyte (minimi)

Kudospala (halkaisija miel. yli 3mm) tai syvä märkänäyte steriilissä putkessa.

Ohutneulabiopsianäyte.

Likvori, lapsivesi tai muu hyytymätön neste (1–10 ml) steriilissä putkessa.

Pleuraneste, nivelneste, luuydin, 1–10 ml EDTA- tai sitraattiputkessa.

Näyte säilyy viikonlopun yli jääkaapissa. Näyte lähetetään iskulta suojattuna. Ottokohta merkittävä lähetteeseen.

Näytteen säilytys

Jääkaapissa +5 ºC. Näyte säilyy viikonlopun yli +5 ºC.

Näytteen lähetys

Ma-pe kylmälähetyksenä. Lähetetään iskulta suojattuna mahdollisimman pian.

Tulkinta

Positiivinen PCR-tulos viittaa yhden tai useamman bakteerin läsnäoloon näytteessä. Yhden bakteerin aiheuttamissa infektioissa pystytään aiheuttaja yleensä tunnistamaan ainakin sukutasolle. Sekainfektioissa eri lajeja ei pystytä rutiinimenetelmillä erottelemaan. PCR-tuotteen sekvensointi ei onnistu jos bakteeria on näytteessä hyvin vähän.

Menetelmä on hyvin herkkä ja sillä todetaan myös esim. iholta tai näytteenoton yhteydessä tulleet kontaminantit. Mikäli löydöstä pidetään kontaminanttina, se mainitaan.

Yhteyshenkilöt

Mikrobiologi Roosa Savolainen p. 041 730 3503, ylilääkäri Suvi-Sirkku Kaukoranta p. (06) 213 2840.