Vaasan keskussairaala, laboratorio-ohjekirja

Se även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset | Tiedotteet

Bm-PML/RARA-geenin fuusio-RNA: t(15:17) kvantitatiivinen (4893 Bm-PML-QR )

Tarkistettu

15.10.2018

Tekopaikka

TYKS Laboratoriotoimialue/ Molekyylihematologia.

Yleistä

PML-RARA -fuusiogeeni liittyy kromosomitranslokaatioon t(15:17)(q22:q21), joka on tyypillinen akuutille promyelosyyttileukemialle (APL, AML/M3). APL muodostaa 10-15 % nuorten aikuisten akuuteista myeloblastileukemioistaosan. Geenifuusioon osallistuvat geenit sijaitsevat kromosomeissa 15 (PML) ja 17 (retinoic acid receptor alfa, (AML), mutta lapsipotilaiden AML:sta se muodostaa pienemmän RARA). Joissain tapauksissa RARA-geeni voi fuusioitua myös jonkun muun partnerin kanssa kuten PLZF (11q23), NPM1 (5q35), NUMA (11q13) ja STAT5B (17q21). Näissä hyvin harvinaisissa tapauksissa tauti on morfologisesti APL, mutta PML-RARA fuusiogeeniä ei todeta.

RARA-geenin katkoskohdat sijaitsevat aina 17 kb:n pituisessa intronissa 2. PML-geenissä puolestaan katkoskohta voi sijoittua jollekin seuraavista kolmesta alueesta: introniin 1 (bcr1 n. 55 % tapauksista), eksoniin 6 (bcr2 n. 5 % tapauksista) tai introniin 3 (bcr3. n. 40 % tapauksista). Tämän seurauksena voi syntyä kolme eri PML-RARA isoformia: pitkä (L bcr1), variantti (V bcr2) tai lyhyt (S bcr3). Tässä tutkimuksessa voidaan käytetystä alukeparista riippuen tunnistaa kukin näistä kolmesta yleisimmästä fuusiotranskriptista (bcr1, bcr2, bcr3).

Molekyyligeneettisessä jäännöstautianalyysissä tutkitaan kvantitatiivisella TaqMan-PCR-tekniikalla fuusiogeenin tuottaman lähetti-RNA:n määrää Europe Against Cancer (EAC) - protokollan (Gabert et al. Leukemia 2003) mukaisella PML-RARA -alukeyhdistelmällä. Kontrollina toimivan ABL-geenin monistuksessa käytetään myös EAC:n protokollan mukaisia alukkeita (Beillard et al. Leukemia 2003).

Tutkimus on tehtävissä myös verestä, ks. 4892 B -PML-QR.

Indikaatiot

Jäännöstautianalytiikka kun potilaalta on tunnistettu diagnoosivaiheen näytteestä kyseinen fuusiolähetti.

Menetelmä

Kvantitatiivinen PCR (TaqMan).

Tekotiheys

Tarvittaessa.

Näyteastia

4 ml CPT-putki. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 4 mL draw capacity.

Näytteenotto

Sitraattiruiskulla n. 3 ml luuydinaspiraattia CPT-putkeen. Heti näytteenoton jälkeen sekä ennen sentrifugointia putkea tulee käännellä 8-10 kertaa ylösalaisin. Sentrifugointi (30 min, 1600 g, huoneenlämpö 18-25 °C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 5-10 kertaa ylösalaisin.

Näyte (minimi)

4 ml (3 ml) luuydintä.

Näytteen lähetys

Näytteenottopäivänä huoneenlämmössä styrox-kotelossa postitse.

Tulkinta

Lausunto.

Yhteyshenkilöt

TYKS Laboratoriotoimialue

Sairaalageneetikot: 050 515 0361, (02) 313 3897, 050 340 8701, (02) 313 7156

Lääkärit: 050 597 2027, 050 411 2237

Vaasan KS: Kemisti Jukka Salminen p. (06) 213 2529

Muutokset

*15.10.2018 Uusi tutkimus.