Vaasa, laboratorio-ohjekirjaVaasa, laboratorio-ohjekirjaSe även / Ks. myös: Ohjekirjan etusivu | Aakkosellinen luettelo | Aiheenmukainen lista | Päivitykset | Tiedotteet
15.10.2018
TYKS Laboratoriotoimialue / Molekyylihematologia.
E2A-PBX1 -fuusiogeeni liittyy kromosomitranslokaatioon t(1:19)(q23:p13), jota havaitaan n. 3 - 5 %:ssa lasten B-soluisia akuutteja lymfoblastileukemioita (B-ALL) ja n. 3 %:ssa aikuisten B-ALL:ia. PBX-geenillä käytetään kirjallisuudessa myös synonyymiä PRL. Noin 95 %:ssa t(1:19) tapauksista havaitaan E2A-PBX1 -fuusiogeenin ekspressio. Loput t(1:19) tapaukset ovat E2A-PBX1 -negatiivisia eikä niissä ole E2A-geenin rakennemuutosta.
E2A-geenissä katkoskohdat sijaitsevat lähes yksinomaan 3.5 kb:n mittaisessa intronissa eksonien 13 ja 14 välissä. PBX1-geenin katkosalueet ovat vähemmän hyvin tunnettuja, mutta sijaitsevat n. 50 kb:n intronialueella eksonien 1 ja 2 välissä. Suurimmassa osassa tapauksia havitaan fuusio E2A exon 13 - PBX1 exon 2. Noin 5 - 10 %:ssa tapauksia havaitaan variantti fuusio, jossa junktiokohtaan on vaihtoehtoisen pujonnan seurauksena insertoitunut 27 nukleotidia. Tässä tutkimuksessa voidaan havaita sekä yleisin transkripti (e13e2) että sen varianttimuoto.
Molekyyligeneettisessä jäännöstautianalyysissä tutkitaan kvantitatiivisella TaqMan-PCR-tekniikalla fuusiogeenin tuottaman lähetti-RNA:n määrää Europe Against Cancer (EAC) -protokollan (Gabert et al. Leukemia 2003) mukaisella E2A-PBX1 -alukeyhdistelmällä. Kontrollina toimivan ABL-geenin monistuksessa käytetään myös EAC:n protokollan mukaisia alukkeita (Beillard et al. Leukemia 2003).
Jäännöstautianalytiikka kun potilaalta on tunnistettu diagnoosivaiheen näytteestä kyseinen fuusiolähetti.
Näyte voidaan ottaa vain maanantaista torstaihin klo 14 mennessä, ei arkipyhää edeltävänä päivänä. Tutkimukseen suositellaan luuydinnäytettä. Verinäyte tulee kyseeseen lähinnä silloin kun luuytimestä ei saada edustavaa näytettä, ks. 6110 Bm-E2A-qR.
Kvantitatiivinen TaqMan-PCR.
Tarvittaessa.
2x8 ml CPT-putki. Suositeltava putkityyppi: BD Vacutainer CPT with Sodium Citrate, 8 mL draw capacity.
2 x 8 ml verta kahteen CPT-putkeen. Heti näytteenoton jälkeen sekä ennen sentrifugointia putkea tulee käännellä 8-10 kertaa ylösalaisin hyytymisen ehkäisemiseksi. Sentrifugointi (30 min, 1600 g, huoneenlämpö 18-25 °C) kahden tunnin sisällä näytteenotosta. Sentrifugoinnin jälkeen käännetään avaamaton putki 5-10 kertaa ylösalaisin.
2x8 ml CPT-verta.
Ma-to huoneenlämmössä postin pikapakettina.
Lausunto.
TYKS Laboratoriotoimialue Sairaalageneetikot: 050 515 0361, (02) 313 3897, 050 340 8701, (02) 313 7156 Lääkärit: 050 597 2027, 050 411 2237 Vaasan KS: Kemisti Jukka Salminen p. (06) 213 2529
*15.10.2018 Uusi tutkimus